Совсем молодому человеку в ссылке было очень тяжело. Во время одного из тяжелых этапов он, в окровавленных обмотках вместо сапог, попался на глаза руководительнице «Политического Красного креста» Екатерине Пешковой, жене Максима Горького. В декабре 1929 года, то ли благодаря содействию «Политпомощи» в лице Пешковой, то ли по каким-то другим причинам Амусин был отпущен из Каргаска. В 1932 году ему позволили поселиться в Казани, где бывший ссыльный с трудом устроился счетоводом в одну из организаций города. Но и там он умудрился попасть под каток репрессий — благодаря своей несгибаемой принципиальности. Когда была объявлена подписка на заем коллективизации, Амусин демонстративно отказался сдавать деньги и открыто высказал свое отношение к экспериментам на селе. И тотчас же был уволен.

Иосифу Давидовичу пришлось вновь обратиться в Красный крест, теперь уже за содействием в поисках работы. Чудом он смог закрепиться в Ленинграде, куда к этому времени переселились его родители. Прописка в северной столице для бывшего ссыльного была под запретом, но Амусин смог встать здесь на учет в военкомате и милиции, хотя и трепала ему много лет нервы, все же вынуждена была отступиться.

C 1933 по 1935 год Иосиф Давидович работал на Ленинградском весово-кассовом заводе бухгалтером. Его друзья уже успели отучиться в институтах, а он вынужден был заниматься нелюбимым делом. Но все эти годы Амусин много читал и занимался самообразованием, твердо пообещав себе, что обязательно поступит в Ленинградский госуниверситет. В 1935 году ему это удалось, но пришлось прибегнуть к хитрости: абитуриент скрыл в анкете свою судимость. Иначе документы можно было даже не подавать. Уже став студентом, Иосиф записался на прием к ректору ЛГУ Лазуркину и рассказал тому о своих «университетах» в заключении и ссылке. Лазуркин порекомендовал ему отчислиться, сдав зимнюю сессию. Наверху как раз решался вопрос о либерализации поступления в вузы для детей лишенцев и осужденных по политическим статьям, ректору об этом было известно. Вскоре правила действительно поменялись, и Амусин смог на учебе восстановиться.

Бывший заключенный учился на историческом факультете ЛГУ с невероятной энергией, занявшись там любимым периодом античности. Он перекликался с древней историей еврейского народа, которую Амусин прекрасно знал с юности. И не просто знал, а помнил наизусть тексты древних книг, не говоря о Пятикнижии Моисеевом и Талмуде, изученных еще в хедере. Для «античников» первокурсник стал настоящей находкой. В кружке античной истории он сделал свой первый доклад — «Пушкин и Тацит», начал работать над темой «Гоголь и античность». Но вскоре спокойной жизни настал конец.

В январе 1938 года студент кафедры истории Древней Греции и Рима Ленинградского Госуниверситета Иосиф Амусин был арестован сотрудниками НКВД. Амусина и еще несколько других членов факультетского античного кружка взяли по наводке их однокашника по фамилии Гиллельсон. Его арестовали за несколько недель до этого по обвинению в организации враждебной меньшевистской ячейки в Ленинграде. Чекисты выбивать показания умели, поэтому вслед за Амусиным и его товарищами в тюрьме вскоре оказался и их руководитель, крупный советский ученый-античник Сергей Иванович Ковалев.

На допросе Ковалев показал, что в октябре 1935 года он создал при кабинете истории античного мира студенческий кружок, который якобы должен был стать лишь прикрытием для пропаганды антимарксистских взглядов и обработки студентов. Цели кружка звучали зловеще: сплочение всех антисоветских сил — меньшевиков, правых, троцкистов, — а также вредительская работа и активные методы борьбы путем террора.

Студенты якобы лишь притворялись, что им интересно восстание Бар-Кохбы в Иудее и система древнеримского долгового рабства. В действительности они готовили восстание против советской власти!

Своеобразной «вишенкой на торте» было пояснение со стороны чекистов, каким образом осуществлялся подкоп под большевиков. Дескать, преподаватель Георгий Стратановский привел в кружок (в протоколе — «завербовал в организацию») группу студентов-античников 2 и 3 курсов истфака — Амусина, Гиллельсона, Ботвинника и ряд других. Студенты принялись практиковать метод академизма, который применялся «в отрыве от актуальных задач и сосредоточении на исследовательских работах». В документах следствия чекисты называют это «чисто буржуазным исследованием», что в переводе на нормальный язык означает обычную качественную исследовательскую работу. Это считалось преступлением.

В обвинительном заключении, датированном 26 марта 1938 года, говорится, что студент Иосиф Амусин признал себя виновным. Это якобы было подтверждено на очной ставке с его другом — Гиллельсоном.

А вот как на самом деле выглядело следствие со слов ученого. Оперуполномоченный 9 отдела УГБ УНКВД по Ленинградской области Колодяжный предъявил Амусину обвинение, что он, разговорившись в коридоре у ЛГУ со студентом Гиллельсоном, был в июле 1937 года завербован в контрреволюционную меньшевистскую организацию. Амусин на это ответил, что в июле 1937 он был на сборах в военных лагерях. Тогда Колодяжный заявил, что в таком случае, это было в августе 1937 года. И на это у Иосифа Давидовича было алиби: сборы продолжались и в августе. «Тогда в сентябре, — недовольно рявкнул Колодяжный. — Так в сентябре 1937 года я как раз был в Кисловодске». Ни слова не говоря, Колодяжный начал избивать подследственного. В результате Иосиф Амусин вынужден был себя оговорить и подписать сфальсифицированный протокол.

Иосифу Давидовичу, как уже имевшему судимость, «тройка» дала самый большой срок — восемь лет лагерей. Сидеть молодому исследователю довелось в Уссольлаге, где он работал на лесоповале в компании матерых уголовников. Они отбирали продуктовые передачи и могли прирезать любого. Всю жизнь Иосиф Давидович вспоминал эти страшные дни, удивляя окружающих способностью пить, не морщась, чистый спирт, а также глубоким знанием тюремного арго и уголовных понятий. Как вспоминал позднее сам Амусин: «мне самому непонятно, как я только уцелел».

После ареста главы НКВД Ежова заключенные стали подавать жалобы в прокуратуру, разоблачая преступную деятельность следователей и отказываясь от своих признательных показаний. В своей жалобе на имя прокурора профессор Ковалев признался в том, что под непрестанными угрозами следователя Колодяжного и в атмосфере террора, царившего тогда в НКВД, он оговорил целый ряд невиновных людей. Профессор настаивал, что студент Амусин никакой контрреволюционной деятельностью не занимался, а был полностью поглощен наукой. Характеристика на Амусина была самой положительной: «Амусин — очень сильный и академически, и политически студент, бессменный секретарь студенческого научного кружка. Очень разносторонний. Его доклады “Пушкин и Тацит”, “Перевод «Илиады» Гнедича” были напечатаны в студенческом научном журнале».

Помогла Амусину и мать его «подельника», Марка Ботвинника, адвокат по профессии, которая добилась у генерального прокурора пересмотра дела. Безусловно, Иосиф Давидович ни к какому подполью не принадлежал. Первой встречи лоб в лоб с советской властью оказалось достаточно, чтобы осознать всю тщетность борьбы одиночек с системой. Правда, однако, была и в том, что отрицательное отношение к советской власти у него никогда не менялось. Органы понимали, что взяли своего заклятого врага. Сестре Амусина чекист так и сказал, сообщая об освобождении брата: «Ваш брат старый волк и вышел он только потому, что попал в эту молодую компанию». Иосифа Амусина освободили из-под стражи 29 ноября 1939 года. Он был полностью реабилитирован и вернулся к учебе.

Сдав экзамены экстерном, Иосиф Давидович в 1940 году перевелся на 4 курс. В это время, параллельно с учебой, Амусин работал секретарем у крупнейшего исследователя общественных отношений античности и древнегреческой науки Соломона Яковлевича Лурье. На факультете образовалось своеобразное землячество белорусских евреев: помимо профессора Лурье, уроженца Могилева, там училась дочка главного минского раввина Лия Менделевна Глускина. Ее предок, Минский Гаон — реб Ерухим-Лейб Перельман — был очень известным ученым-талмудистом, славящимся своими знаниями среди восточноевропейского еврейства. В 1934 году отца Лии Менделевны пригласили в Ленинград на должность главного раввина города. В 1939 году Иосиф Давидович вернулся в университет и оказался с Лией Глускиной на одном факультете. Прямо накануне войны, в марте 1941 года, Иосиф и Лия поженились.

После выпускного вечера молодая семья отправилась в поселок Антропшино Ленинградской области — там Иосиф Давидович получил место в школе. Однако поработать педагогом ученому не пришлось. С началом войны бывший политический заключенный и молодой учитель пошел на призывной пункт. В Василеостровском районном военном комиссариате патриотический порыв добровольца оценили, но призвали не в строевые части: сказывалось сильно подорванное в лагере здоровье. Тем не менее, вскоре Амусин попал как санинструктор под Гатчину. Там его часть участвовала в кровопролитных боях. Затем был блокадный Ленинград. За годы военной службы историк окончил два курса мединститута, параллельно со службой военфельдшером медчасти эвакогоспиталя № 1012 по Менделеевской линии в Ленинграде. Во время блокады в семье Амусиных произошла трагедия: отец Иосифа, Давид Львович, в эти страшные дни умер в своей квартире от голода.

За ударный труд и службу в блокадном Ленинграде 18 июля 1943 года Иосифу Амусину была вручена медаль «За оборону Ленинграда». В 1944 году, в составе войск 3 Белорусского фронта, Иосиф Давидович отправился освобождать Европу. Войну Иосиф Амусин окончил в звании лейтенанта медицинской службы 276 отдельного пулеметно-артиллерийского батальона, участвовавшего в освобождении Восточной Пруссии.

Демобилизовавшись в конце июля 1945 года, Амусин вернулся в Ленинград и стал работать в Педагогическом институте, где читал курс древней истории. Возможно на возвращение в академические ряды, сыграли роль его фронтовые заслуги. Его зачислили в аспирантуру в Институт востоковедения АН СССР. Научным руководителем Амусина стал академик Василий Струве. Иосиф Давидович начал работу над диссертацией, которая первоначально называлась «Антисемитизм в Древнем Риме», но затем, по требованию партийного руководства, тема была скорректирована и звучала теперь вполне нейтрально: «Послание императора Клавдия александрийцам».

В 1949 году в стране Советов начала раздуваться безобразная антиеврейская кампания. Иосиф Давидович вышел на защиту диссертации как раз в тот момент, когда по всей стране евреев увольняли с работы. Как человек высоких моральных принципов, Иосиф Амусин оказался одним из немногих, кто рискнул выступить в защиту обвиненного в «безродном космополитизме» Лурье. Ничего хорошего от такой позиции в разгар репрессий бывшему политзеку ожидать не приходилось. Коллеги, наблюдая за травлей профессора Соломона Лурье, c тревогой думали о будущей защите Амусина. Но Иосифа Давидовича поддержал Дмитрий Сергеевич Лихачев, с которым Амусин познакомился еще во время своей первой отсидки в 1920-е годы. Диссертацию Амусин успешно защитил, ответив на все каверзные вопросы оппонента, праправнука Кутузова, специалиста по древнегреческой литературе Ивана Толстого. Но несмотря на успешную защиту, Амусин сразу же вылетел из Ленинградского госуниверситета и Ленинградского государственного педагогического института имени А. И. Герцена.