C началом германо-советской войны, летом 1941 года, Рудашевский, его жена Ита, 11-летняя Голда и 3-летний Миха сумели эвакуироваться на восток. Сперва семья оказалась в Саратовской области, но с приближением фронта, в начале декабря 1941 года, c эшелоном беженцев прибыла в Узбекистан, в город Джизак Самаркандской области.

В Узбекистане в годы войны находилось большое количество эмигрантов из оккупированной Польши. НКВД вело очень тщательное наблюдение за всеми «западниками». Узбекский НКВД состоял по большей части из местных чекистов, которые евреев-ашкеназов никогда до этого не видели. Иногда их чрезмерный контроль доходил до курьезов. Однажды в Джизаке евреи-выходцы из Польши проводили бар-мицву, c песнями и танцами, а после почти все гости были вызваны в НКВД на дачу объяснений. Сотрудники органов хотели знать, не сионистские ли песни они слышали у себя в городе.

За Рудашевским, устроившимся экономистом в одну из небольших местных организаций, также неустанно наблюдали. Сексотам не понравилось, что беженец из Каунаса активно заводил знакомства среди бывших сионистов. Одним из его приятелей стал бывший член Палестинского комитета в Лодзи Шалом Кветни. По данным осведомителей, с Кветни экономист постоянно вел разговоры на политические темы и после победы над фашизмом мечтал добиться выезда в Эрец-Исраэль.

В январе 1945 года Рудашевский вернулся с семьей в город своего детства, ставший за время его отсутствия столицей Литовской ССР. В Вильнюсе они никого из близких не обнаружили. По старым адресам жили чужие люди, в основном литовцы, которые очень складно рассказывали, как помогали евреям, но почему-то пользовались их жильем и даже одеждой. Позже Пинхас узнал, что его племянник, Ицхак Рудашевский, попал в вильнюсское гетто и вел там дневник, одно из важнейших письменных свидетельств Холокоста в Литве. Страшный разгром местной еврейской общины, когда-то составлявшей до половины населения города, отразился даже на архитектуре. Известная далеко за пределами литовской столицы Большая синагога, шедевр эпохи барокко, сгорела дотла. Были стерты с лица земли и другие культовые строения, роскошные довоенные магазины и особняки еврейской элиты.

Не найдя в Вильнюсе родных, Рудашевский решил съездить в Уцяны, местечко, где родился его отец, а на семейном кладбище находились могилы предков. По дороге Пинхасу повстречалась пожилая литовка, которая хорошо помнила его деда, но проводить его на старое кладбище отказалась: «Не иди в ту сторону. Да и тут тебе небезопасно. Недалеко находятся партизаны». В округе активно действовали литовские «лесные братья», которые, как и поляки в 1919 году, запросто могли убить еврея, не особо вдаваясь в его политические убеждения.

Сменив несколько мест работы, в марте 1947 года Пинхас Янкелевич оказался в типографии газеты «Тьеса». До своего ареста он c семьей жил скромно, подбивал всё те же дебеты и кредиты, работая бухгалтером. Жена Ита, отличная швея, работала от артели на дому.

13 мая 1947 года мирной жизни настал конец: Пинхаса Рудашевского арестовали сотрудники Министерства госбезопасности Литовской ССР по подозрению в организации нелегальной переправы советских граждан в Польшу.

Рудашевского посадили во внутреннюю тюрьму МГБ в самом центре Вильнюса. Когда-то это был Дворец правосудия Виленской губернии, затем туда последовательно вселялись различные литовские и польские учреждения подобного рода и, наконец, обосновалась штаб-квартира чекистов. Тюрьма находилась в подвалах, а допросы проходили на третьем этаже. Для узников тюрьма была «домом». Такое название среди арестантов это место получило благодаря вопросам надзирателя во время вечерней поверки: «Все дома?»

В камере Рудашевского сразу же предупредили, что болтать лишнего не стоит, особенно с новенькими. Вскоре в камеру действительно добавили еще одного арестованного, молодого человека, который тщетно пытался всех разговорить на антисоветские темы. Рудашевский благоразумно отмалчивался, а через несколько дней провокатора перевели в другую камеру.

На первом допросе следователь МГБ капитан Васев был очень учтив и вежлив. Но на следующий же день картина изменилась в корне. Поздно вечером Пинхаса Янкелевича привели на третий этаж Вильнюсского МГБ. Зайдя, Рудашевский поздоровался, но Васев вместо приветствия заорал: «Садись!» — и сразу же излил на Рудашевского полный ушат русских ругательств. Самыми приличными обращениями к арестованному во время ночного допроса были «предатель» и «с-ка». Подобные «беседы» всегда начинались в 9 часов вечера и практически без перерывов длились до 5 часов утра.

Уже на одном из своих первых допросов, 16 мая 1947 года, арестованный признался в том, что помогал евреям бежать из «советского рая» на Запад. Скрыть правду от советской карательной машины было практически невозможно. Следователь заявил, что жена Рудашевского уже арестована (это было ложью), намекая, что судьба его детей зависит только от подписи под протоколом допроса. Передачи из дома действительно перестали приходить. Пинхас Янкелевич был уверен, что его жена сидит в застенках, а дети отправлены в детский дом. Позже Ита Маушевна рассказывала, что во время одного из ее визитов с передачей для мужа, старший следователь ей нагло заявил, что тот, кто «не колется», еду с воли не получает.

Арестованному были предъявлены показания других задержанных по этому делу. Васев, очевидно, оперировал также данными, предоставленными каким-то секретным осведомителем: вопросы были уж очень конкретными.

На следствии Пинхас Янкелевич признался, что, как убежденный сионист, пытался уехать с семьей в Палестину, и был рад помочь другим евреям, планировавшим выехать из СССР. Причем в основном это были бывшие ссыльные, сионисты, скрывавшиеся от властей.

Всё началось с того, что Рудашевский в феврале 1946 года наткнулся в Вильнюсе на старого приятеля, который посреди улицы вел беседу с каким-то незнакомцем. Им оказался вернувшийся из ссылки бывший фабрикант Иосиф Ашкинази. Приятель представил ссыльному Рудашевского, отрекомендовав его как надежного человека. Ашкинази не стал скрывать, что собирался нелегально выехать из СССР в Польшу. В соседней стране всё еще открыто работали еврейские организации, и желающим уехать в Палестину особых препятствий поляки не чинили. Эта идея настолько захватила Рудашевского, что он решил присоединиться к Ашкинази и действовать с ним сообща. На семейном совете Пинхас Янкелевич и Ита Маушевна решили во что бы то ни стало попытаться уехать. Даже мебель Рудашевские решили не покупать, довольствуясь привезенными из эвакуации небогатыми пожитками.

Многие коренные жители Вильнюса — и евреи, и поляки — сразу после войны свободно выехали в Польшу. Однако право на репатриацию предоставлялось только тем, у кого по состоянию на 1 сентября 1939 года было польское гражданство. Рудашевский, уехавший из Вильно в 1919 году, и его жена, уроженка центральной Литвы, такого права не имели.

Сталинская власть своих граждан никуда не выпускала, делая вид, что никаких причин покидать СССР у евреев не было. Лживость этого утверждения лежала на поверхности. Однажды, придя домой, сын Рудашевских, в очередной раз ставший жертвой уличных хулиганов-антисемитов, спросил: «Мама, а можно уехать куда-то, где все дети — евреи?»

В июле 1946 года вместе со своим новым товарищем Пинхас Янкелевич вышел на людей, которые вызвались помочь с нелегальной переправой в Польшу. Они сразу же предупредили: спрашивать об их методах бесполезно, но в назначенное время Рудашевских и Ашкинази отправят со станции «Вильнюс» под видом польских граждан. За каждого взрослого человека нужно было принести на улицу Венгрю, где жили переправщики, по 10 тысяч рублей. Этот план провалился. Двое мужчин внезапно куда-то пропали, вероятно, их арестовали. Затем из города, не попрощавшись, исчезла и семья Ашкинази.

Пинхас Янкелевич продолжил искать возможность нелегального выезда в Польшу. Старый знакомый указал бухгалтеру на своего квартиранта, сапожника с улицы Пилимо, 25-летнего Бориса Илютовича, связанного с еще одними переправщиками. В январе 1947 года Илютович сообщил Рудашевскому, что у него появилась возможность переправлять людей в Польшу через фильтрационный лагерь в белорусском Гродно. Рудашевский договорился с Илютовичем, что будет подыскивать и других евреев, готовых выехать под видом членов семей репатриантов.

Первым из них стал слесарь мастерской спецполиклиники в Вильнюсе по фамилии Фишман. К Рудашевскому он пришел в феврале 1947 года по рекомендации. Для Фишмана всё сложилось очень благополучно. У одного из главных организаторов нелегального коридора, Самуила Руса, бывшего бойца 16-й Литовской стрелковой дивизии, остановился еврей из Лодзи по фамилии Лауфер, имевший выездной документ на двух человек. Документы немного подкорректировали, и Фишман вместе с Лауфером быстро попал в соседнее государство.

Следующей должна была стать пожилая портниха из Каунаса, Дора-Хая Мелене, которая в марте 1947 года пришла к жене Рудашевского, своей землячке, в гости. По ее словам, до 1939 года она жила вместе с семьей в Белостоке, но вынуждена была бежать от нацистов в Каунас. Муж Мелене погиб в 1943 году под Орлом, а ее пятеро детей во время войны содержались в детском доме. Летом 1946 года Мелене нелегально отправила детей вместе со своим братом в Польшу. Брату удалось в Варшаве определить детей в еврейский детский дом, который эвакуировался через Чехословакию в Париж. Женщина продала в Каунасе дом, уволилась с работы и рассчитывала в ближайшее время каким-то образом попасть к детям.

Рудашевский, посовещавшись с женой, решил помочь. На следующий день он отвел Мелене к своим переправщикам: Илютовичу и Самуилу Русу. Переправщики объяснили Мелене, что как раз искали женщину ее возраста, которая должна была играть роль матери одного из беглецов.

Документы у беглецов были фиктивными: для мужчин использовались красноармейские книжки и проходные свидетельства демобилизованных. Женщинам делали фальшивые свидетельства о браке. После изготовления фиктивных документов группа следовала в фильтрационный лагерь для польских репатриантов в Гродно. Там у переправщиков были связи, которые удалось наладить благодаря жителю Вильнюса Шахницкому, работавшему в польском дипломатическом представительстве. Именно Шахницкий предложил в свое время Самуилу Русу переправлять евреев в Польшу за вознаграждение.

Каждому человеку нелегальная переправа стоила до 20 тысяч рублей. Поляк Шахницкий брал за посредничество круглую сумму, но он также должен был делиться на фильтрационном пункте с пограничниками. Были собственные расходы и у Илютовича с Русом.

Отправив 23 марта 1947 года Дору Мелене в составе группы, Рудашевский не знал, что она, вместе с другими евреями, была схвачена на станции Лососно под Гродно. Нелегалов на месте поджидала засада сотрудников МГБ.

Уплатив накануне переправы аванс, Мелене оставила своей подруге, Саре Заркинайте, жительнице Вильнюса, оставшуюся часть суммы. В случае удачной переправы к Заркинайте должен был прийти связной, предъявить специальный пароль и забрать оставшиеся деньги. Мелене заранее написала через копирку кодовое слово — “Dora” — оставив себе один экземпляр, а другой отдала Саре Заркинайте. Через несколько дней домой к Заркинайте действительно пришел связной, который предъявил бумажку с паролем и забрал вознаграждение.

Сара Заркинайте, уверенная, что ее подруга уже в Польше, решила связаться с Рудашевским по поводу переправы группы своих знакомых. Среди них были Роза Левинене и ее гражданский муж, Рувим Герштейн, бывший руководитель движения «Бейтар» в Каунасе, а также Меряш, сын учителя Каунасской еврейской гимназии, с которым бухгалтер был знаком еще с довоенного времени. Безденежному Меряшу Пинхас Янкелевич сразу вынужден был отказать. Герштейн и Левинене получили от переправщиков «добро».

5 апреля 1947 года они выехали на поезде в Гродно, но всё на той же станции Лососно были арестованы. Ни Рудашевский, ни его соратники — Борис Илютович и Самуил Рус — не знали, куда подевалась группа. В скором времени они и сами были задержаны.

Доподлинно неизвестно, сколько «кротов» работало по делу Рудашевского, но руку к раскрытию сионистского подполья совершенно точно приложил основной кадр МГБ Литовской ССР по еврейскому подполью — агент «Казанцев». Канал для переправки евреев в Польшу организовал он сам, и по нему действительно были переброшены за границу неинтересные властям люди. «Казанцев» завоевывал таким образом доверие сионистов. Уже в марте 1946 года он докладывал начальнику 5-го отделения 2-го отдела МГБ ЛитССР майору Каплуну о своей плотной разработке Сары Заркинайте. Заркинайте в 1946 году переправляла через «Казанцева» знакомого рижанина и проболталась ему о существовавшей в городе другой группы переправщиков. Ими были Пинхас Рудашевский и его товарищи.

Следователь Васев сначала собирался «повесить» на Рудашевского относительно мягкую статью — 84 УК РСФСР — которая давалась за выезд за границу без установленного паспорта или разрешения властей, но почти сразу передумал. Известное своими провокациями МГБ ЛитССР, которое само подталкивало людей на бегство, а потом ловило несчастных, сионистов собиралось засадить надолго.

Выбор для следствия был богатый: Пинхас Рудашевский не только переправлял людей, но и сам вот-вот готовился бежать в Эрец-Исраэль. Поразмыслив, капитан Васев 1 августа 1947 года уголовное дело переквалифицировал на статью 58-1 «а» — измена Родине в виде бегства за границу.

В конце концов, следствие окончилось и начались однообразные недели в застенках Внутренней тюрьмы МГБ. «С вещами на выход!» — приказал однажды утром «вертухай». Рудашевского под охраной посадили в кузов грузового автомобиля и перевезли в знаменитую вильнюсскую тюрьму Лукишки.