Несмотря на постоянные лишения, молодежь мириться со зверствами нацистов не хотела. Собравшись однажды в укромном месте, Ицхак Рогалин и бывшие члены «Ха-Шомер Ха-Цаир» стали обсуждать, что делать в сложившейся ситуации. В одной из дискуссий Рогалин высказал мнение о необходимости объединиться со всеми молодежными движениями, справа и слева, и создать еврейскую боевую организацию.

После нескольких месяцев подобных обсуждений и встреч Ицхака неожиданно пригласила к себе знакомая по шомеровскому движению Ружка Корчак. Девушка сообщила Ицхаку, что к нему долго присматривались и, как человека серьезного, решили принять в ряды еврейского подполья.

Через некоторое время Рогалин был приведен к присяге. Придя в условленное место, Ицхак спустился в подвал, где увидел еще одного старого «шомера» — Аббу Ковнера. На небольшом столе стояла зажженная свеча и лежала винтовка. Во время нехитрой, но торжественной церемонии Ицхак Рогалин поклялся хранить тайну и посвятить себя сопротивлению нацистам. Отныне он стал командиром тринадцатого взвода второго батальона «Объединенной организации партизан» — ФПО («Ферейнигте партизанер организацие»).

Ицхак вместе со своими соратниками приступил к сбору оружия. Его иногда удавалось стащить у немцев или же купить за немалые деньги у поляков. По мере увеличения запасов оружия росло и количество членов организации. В распоряжении ФПО была радиостанция, и несколько раз в неделю подпольщики распространяли в гетто сводки с фронтов. Они посылали связных в гетто Гродно, Варшавы и Белостока и информировали их о происходящем в Вильно, в первую очередь — об уничтожении виленских евреев.

В апреле 1943 года члены ФПО неожиданно услышали сообщение подпольного польского радио, в котором говорилось: «Слушайте, слушайте! Перед лицом всего света мы объявляем: варшавское гетто гибнет в бою! Вот уже две недели в нем идут сражения между неравными силами… Тысячи евреев героически дерутся с германскими палачами… Честь и слава героическим борцам!». Ицхак был восхищен мужеством варшавян, но ничем помочь им не мог. Его руки сжимались в бессильной злобе, но планы немцев были предельно ясны. Ликвидация последних жителей Виленского гетто была лишь вопросом времени. Штаб ФПО окончательно прервал отношения с руководителем юденрата Яковом Генсом и установил связь с советскими партизанами, действовавшими на Виленщине.

В середине июля 1943 года ФПО столкнулась с первым серьезным испытанием. Ночью домой к Ицхаку Рогалину неожиданно прибежала связная, назвала пароль и сообщила о всеобщем сборе. Оказалось, что Яков Генс, боявшийся мести немцев за наличие в гетто подпольщиков, пригласил к себе на переговоры командира ФПО Ицика Виттенберга, и тот был немедленно арестован. Когда литовские полицейские выводили Виттенберга из здания, подпольщикам удалось отбить своего командира. Однако через несколько часов Генс передал: Гестапо грозится ликвидировать гетто, если Виттенберга не отдадут. Отважный борец передал командование ФПО Аббе Ковнеру и на следующий день сдался гестаповцам, которые немедленно его казнили.

Как ни старался Яков Генс остановить катастрофу, но через несколько недель начался вывоз узников гетто в Эстонию. Они не думали, что немцы попытаются истребить все гетто. Ицхака вызвали в штаб и приказали этой же ночью увести его взвод в лес. Командование решило эвакуировать всех своих бойцов и начать вооруженную борьбу против немцев. Ицхак вернулся к матери и сестре с тяжелым сердцем. Сообщив им, что должен уходить, Ицхак услышал: «Иди, сынок, может, еще кто-нибудь из нашей семьи выживет». В тот день Ицхак Рогалин видел свою младшую сестренку и мать в последний раз.

Группа из нескольких десятков человек была разбита по парам: юноша обязательно шел с девушкой. Вооруженный советским пистолетом, Ицхак составил пару активистке «Бейтара» Мириам Бернштейн. Их группе посчастливилось вывезти из гетто собранное оружие и добраться до Рудницкой пущи, находившейся в 40 километрах от города. Ицхак Рогалин попал в боевую группу «Мститель», одну из четырех, созданных из вышедших из гетто членов Объединенной партизанской организации.

Прибыв вскоре в район озера Нарочь, где до войны Ицхак проводил летние лагеря, еврейские бойцы встретились со штабом партизанской бригады имени Клима Ворошилова. Командовал бригадой Федор Марков, белорус, кадровый коммунист, переброшенный за линию фронта для развертывания партизанской борьбы. На место встречи всем было велено явиться при оружии и с личными вещами. Для начала евреи услышали, что отныне они должны будут выполнить любой приказ командования. Первый приказ поступил от Маркова незамедлительно: большинству, в первую очередь девушкам, велели сдать принесенное из гетто оружие. Затем советские партизаны заявили, что на народное сопротивление нужны золотые часы, кольца, кожаные куртки и другие ценности, имевшиеся у вышедших из гетто. Еврейские подпольщики были возмущены неприкрытым грабежом, но приказу подчинились.

Евреи должны были оставаться на месте практически безоружными и ждать дальнейших указаний. Не прошло и нескольких дней, как Ицхак с товарищами заметили, что в окрестностях стали сосредотачиваться большие силы немцев. Вскоре появились и каратели. Пришлось уходить по топкому болоту, под проливным дождем, чаще всего по ночам.

Осада Нарочанских лесов продолжалась около недели. После немецкого налета на место сбора смогли выйти около сотни человек. Евреи поселились в лесу, выкопав там землянки и раздобыв в окрестных селах провиант. Воцарилось относительное спокойствие, но долго бездействовать молодежь, не для того уходившая из гетто, не могла. Вновь установив контакт с советскими партизанами, ФПО решила попытать счастья в отряде «Истребитель», где комиссаром был еврей, бывший лейтенант Красной армии Михаил Подольный.

Рассказав Подольному свою историю, молодые евреи поклялись, что готовы отдать свою жизнь за борьбу с нацистами. Заместитель Подольного поддержал ребят, сказав тому: «Смотрите, товарищ комиссар, это же ваши братья. Дайте им возможность присоединиться к нам!». К неописуемой радости Ицхака Рогалина, их приняли в отряд полноценными бойцами.

Виленцев распределили между ротами. Ицхак Рогалин получил оружие и вместе с другими приступил к тренировкам. Первой операцией, в которой он участвовал, был рейд вглубь территории, находившейся под контролем немцев. Партизаны повалили телеграфные столбы на расстоянии десятка километров, срезали провода, но, в конце концов, наткнулись на хорошо укрепленный полицейский участок. Враг был готов к нападению и открыл по партизанам огонь из автоматов и пулеметов. Перестрелка длилась довольно долго, но в конце концов Ицхак со спутниками получил приказ отходить. У партизан было мало боеприпасов, поэтому взять участок штурмом не вышло. Но, возвращаясь в отряд, Рогалин чувствовал себя превосходно. Наконец-то ему удалось вступить в бой с врагом!

Между операциями партизаны были заняты охраной села, где дислоцировался отряд «Истребитель». Ночью температура опускалась до 25 градусов мороза, нести караул было очень тяжко. А уж операции по повреждению железнодорожных путей становились при такой температуре настоящим испытанием. Поезда шли на Восточный фронт день и ночь, везя солдат, продовольствие, танки и другую технику. Впервые отправляясь на подобную операцию, Ицхак со своим взводом получил взрывчатку округлой формы, куда вставлялся фитиль. Немцы охраняли железнодорожные пути на всем их протяжении. Пройдя 40 километров, партизаны залегли недалеко от насыпи, дожидаясь наступления темноты. К самим рельсам подбирались ползком, но даже в потемках немцы почувствовали неладное и начали стрелять. Пули свистели у Ицхака прямо над головой, словно пчелы, но партизанам удалось заложить заряд. Убегая под пулями в лес, они услышали несколько взрывов. На подобные акции Ицхак ходил более десятка раз.

В перерывах он писал стихи, в которых описывал все те страдания, которые доставили людям последователи коричневой чумы. Занятия лирикой стали отрадой для молодого партизана, потерявшего в оккупации родных и близких, и готового в любой момент встретить смерть лицом к лицу.

Для пропитания сотен людей требовалось много продовольствия. Однажды Рогалин участвовал в четырехдневной операции по добыче съестных припасов. Спилив по дороге телеграфные столбы, где висели телефонные провода и уничтожив недавно отстроенный немцами мост, колонна из 120 конных упряжек продвигалась в глубь немецкой территории. Ицхак ехал на одной из повозок в роли кучера. На третьи сутки, глубокой ночью, партизаны зашли в большую деревню. Операция оказалась не из легких. Отдавать скот, муку и другие продукты советским партизанам крестьяне не хотели. И не успели партизаны оказаться в деревне, как об этом стало известно оккупантам. На следующий день, проводя разведку, бойцы «Истребителя» напоролись на засаду. Свернуть с дороги было невозможно, поэтому колонна вступила в бой, длившийся несколько часов. Немцы окопались на возвышенности, в удобном месте, но партизаны не сплоховали. Прорываясь сквозь град пуль, Рогалин и его братья по оружию изрядно потрепали противника. Омрачал успешную операцию лишь тот факт, что комиссар Подольный получил тяжелое ранение.

В конце июня 1944 года, с приближением фронта к Вилейскому району, все партизанское движение получило приказ о проведении максимального количества диверсионных действий и атак на отступавших немцев. Однажды утром бойцы «Истребителя» получили разведданные: в их сторону двигался немецкий конвой снабжения. Бой был ожесточенным, на короткой дистанции. Несколько десятков фрицев были убиты; убежавших народные мстители поймали на следующий день. В трофейных телегах партизаны нашли еду и одежду. Вещи раздали бойцам, которые уже готовились праздновать долгожданный день освобождения.

В начале июля 1944 года Ицхак Рогалин проснулся от рева танковых двигателей. Партизаны, не помня себя от счастья, бросились обнимать появившихся солдат Красной армии. Радость была великая, но работа была не закончена. Еще несколько дней они совместно с красноармейцами отлавливали рассеявшихся по лесам фрицев.

В те жаркие июльские дни Ицхак стал свидетелем невероятного зрелища, которое он помнил всю оставшуюся жизнь. Сотни немецких солдат и офицеров, попавших в плен, были окружены в поле и поставлены на колени. Офицеры Красной армии и евреи-партизаны, выполнявшие обязанности переводчиков, допрашивали каждого. Всех опознанных гестаповцев сразу вытаскивали за шкирку, отводили в соседний подлесок и пускали там в расход. Никакой жалости к убийцам бывшие узники гетто не испытывали.

Потом партизаны получили приказ собраться в ближайшем городке Мядель. На общем построении их поблагодарили за проявленное мужество. Свою речь командование завершило призывом: «Будем бить врага в рядах Красной армии, пока фашистский зверь не будет уничтожен!». Ицхак Рогалин и почти все его боевые товарищи, кроме тех, что остались работать в местной милиции и администрации, в пешем строю отправились на призывной пункт в Каунас.

Путь из Мяделя в Каунас пролегал через Вильно. Встреча с родным городом для Ицхака была трудной. Не найдя там ни матери, ни сестренки, ни своих соседей, молодой партизан шел по улицам в смятении. После долгих поисков ему удалось найти нескольких старых соратников по еврейскому сопротивлению. Встречали они друг друга как членов семьи. Ицхаку сразу же поступило предложение — идти на Волынь, откуда сионисты планировали добраться в Эрец-Исраэль. Рогалин, подумав, отказался. Гитлеровцы задолжали ему слишком много, да и дезертиром он, бывший советский партизан, становиться не хотел.

На призывном пункте Ицхак и тринадцать других евреев-партизан получили направление в город Ярцево под Смоленском. В ярцевском полевом лагере стояла 50-я запасная стрелковая Литовская дивизия, куда их и призвали. Командование приняло партизан даже слишком радушно. Причина была в том, что основную массу новобранцев дивизии составляли литовцы, часть из которых сотрудничала с немцами и воевать за СССР отнюдь не собиралась.

Получив лычки младшего сержанта, Ицхак Рогалин был назначен ответственным за подготовку бойцов своего подразделения. По окончании курса вся 50-я запасная стрелковая Литовская дивизия была переброшена на территорию Литвы. Часть Ицхака находилась в местечке Тургели, в 30 километрах от Вильнюса. Основным занятием дивизии была борьба против отрядов Армии Крайовой, воевавших против советской власти. Бойцы прочесывали местность и отлавливали подозреваемых в принадлежности к польским националистам. Такая служба была Ицхаку не по душе. После каждой увольнительной в Вильнюс он все больше убеждался в том, что находится не на своем месте, друзья-евреи постоянно говорили, что пора «вернуться домой». Гнетущей была и атмосфера в самой части. Литовские солдаты массово дезертировали из дивизии с оружием в руках. Батальон Рогалина был на несколько месяцев отозван вглубь СССР, в белорусский Полоцк.

Распрощаться со старым местом службы Ицхаку «помогла» болезнь. По возвращении в Вильнюс он попал в госпиталь дивизии, который находился в черте города. Руководство госпиталя предложило Ицхаку, как человеку грамотному, остаться вместо демобилизованного солдата оператором рентгеновского аппарата.

Жил он в квартирке своего товарища-партизана Альтера Файтельсона и его супруги Симы Яшунски. Работа занимала всего восемь часов в день, и у Ицхака оставалась масса времени на мечты об Эрец-Исраэль. Бывшие польские граждане могли уехать на постоянное место жительство в Польшу, которая евреев в своих границах особенно не удерживала. Это был шанс, но право на репатриацию не распространялось на тех, кто служил в Красной армии. Дело было хлопотное, но младший сержант Рогалин не сомневался, что сможет покинуть территорию Советского Союза.

Об этом мечтали и другие молодые евреи из Литвы, с которыми Ицхак познакомился в городе. Откуда-то им стало известно, что в Лодзи действовал центр «Ихуд», который помогал евреям нелегально выбраться в Палестину. Это подполье позже стало именоваться ивритским термином «Бриха» — «Побег». Вскоре те же друзья сообщили, что в Вильнюс приехала от имени лодзинского центра девушка по имени Лея. Она должна была забрать в Польшу еврейских детей-сирот. Явившись к ней на встречу прямо в армейской форме, Ицхак стал уговаривать Лею связаться с его старыми соратниками по «Ха-шомер ха-Цаир», находившимися в Лодзи. Девушка не повела и бровью, сказав младшему сержанту, что тот с кем-то ее перепутал. Однако через несколько дней, уезжая с подопечными в Польшу, Лея передала Ицхаку записку: «Не волнуйся. Все будет хорошо…». Ниже шел адрес, по которому Ицхак нашел молодых людей — Шуламит Гордон и Реувена Левитана. Они вот-вот должны были уехать в Лодзь и согласились передать его друзьям информацию, что он жив и находится в Вильно.