Ранним утром 24 марта 1949 года в дверь квартиры, в которой Меир Гельфонд и его товарищ по институту снимали угол, раздался стук. На пороге стояли два незнакомца в штатском, которые попросили разрешения войти в квартиру. Мужчины, оказавшиеся сотрудниками Винницкого УМГБ, устроили тщательный обыск. Изъяв записи и книги, чекисты увезли Гельфонда в тюрьму при местном МГБ.

Чекисты долго не могли поверить, что студенты из Жмеринки действовали самостоятельно. На роль идейного вдохновителя молодежи сотрудниками МГБ был «назначен» Эли Спивак – ученый-идишист, член Академии Наук УССР, арестованный по делу Еврейского антифашистского комитета. Он был дальним родственником Миши Спивака, у которого чекисты денно и нощно пытались вытянуть нужные им показания. Никакого отношения Эли Спивак к молодежи не имел, но следователю Горюну нужна была лишь подпись под протоколом. Так в дело и вошло фальшивое напутствие от Спивака, якобы адресованное жмеринским юношам и девушкам: «Сие от вас, молодежи, зависит. Вы действуйте, а мы вас поддержим».

С соседями по первой своей камере, в Винницкой тюрьме, Меиру повезло. Некоторые из них были так называемыми «повторниками» – людьми, арестованными во второй раз по старому делу. Одним из них был поэт Эйдлин. Он декламировал сокамерникам стихи, а также организовал чтение лекций. Подключился к кружку самообразования и Меир, рассказывавший сидельцам о физиологии, которой увлекался в мединституте. Через месяц Меира перевели в Киев. Прямо перед выходом из камеры, прощаясь с товарищами, он услышал шепот Эйдлина: «Ну, а ленделе, аза йор ойф зей!» («Ну и страна, пропади она пропадом!»).

Следствие по делу Гельфонда завершилось в столице УССР. В Киеве Меир долго сидел в одиночке. Чтобы не сойти с ума, он стал вслух пересказывать себе книги. Следователь, капитан МГБ Горюн, даже подумал, что Меир пытается симулировать душевную болезнь, но, на всякий случай, из одиночки его перевел. Камер, в которых перебывал Меир в Киевской тюрьме МГБ, было несколько. В одной из них обитал старый религиозный еврей, переехавший из Москвы в Черновцы. Всю оставшуюся жизнь Гельфонд вспоминал, насколько тяжело сиделось в советских застенках этому праведнику. Однажды, в субботу, сокамерников вывели на прививку от брюшного тифа. Старик умолял женщину-врача не делать ему прививку в шабат, но его схватили под руки и привили насильно. Меир протестовал: «Как вы можете так поступать? Вы же врач!». За это вертухай бросил юношу в «шкаф» следственного корпуса. Это был закрытый деревянный узкий ящик, в котором невозможно было даже повернуться. В нем молодой человек оказывался не единожды.

В ноябре 1949 года следствие по делу Гельфонда завершилось. Тогда же его перевели в Лукьяновскую тюрьму. Старостой новой камеры был импозантный Михаил Данишевский, главный редактор центральной партийной газеты УССР «Радянська Україна», сидевший уже в третий раз. Другим не менее интересным сокамерником Меира был убежденный сионист Давидович. Благодаря этому старому сидельцу Гельфонд впервые услышал о Герцле, Вейцмане, Соколове и других лидерах еврейского народа.

Признанный виновным по статьям 54-10 ч. 2 («Пропаганда или агитация») и 54-11 («Организационная деятельность») УК УССР, Меир Гельфонд получил 10 лет лагерей. Вместе со своими товарищами, Владимиром Керцманом и Михаилом Спиваком, 3 декабря 1949 года он отправился по этапу.

Меир Гелфонд попал в Воркуту, в печально известный Речлаг, где содержались политические заключенные. Самой страшной работой в Речлаге считалась шахта. Однако бывшему студенту-медику повезло. При содействии русского дворянина и отличного врача Сергея Петрова молодой еврей попал в лагерную санчасть. Меир стал сначала санитаром, потом «братом милосердия». Так, в полевых условиях, он осваивал будущую специальность. Пользуясь своим привилегированным положением, он всегда пытался помочь евреям, попадавшим в эти страшные места. Чаще всего он показывал людям, как правильно симулировать ослабление зрения, а его старший товарищ, Сергей Петров, в свою очередь, рекомендовал начальнику санитарной части не давать «почти слепым» людям самую тяжелую – «шахтную» – категорию.

Кроме занятий медициной, Гельфонд штудировал в лагере историю, философию, языки. Один из последних остававшихся в Советском Союзе ивритских писателей, Цви Прейгерзон, сидевший вместе с Гельфондом, вспоминал, что он был единственным евреем в лагере, решившим серьезно изучать иврит. Его усердие и усидчивость были невероятными. За несколько месяцев занятий Меир Гельфонд научился прекрасно говорить на иврите.

Единственной отрадой в Речлаге были находившиеся там интересные люди. Помимо Прейгерзона, Меир Гельфонд сидел с молодым сионистом из Одессы Иосифом Хоролом, религиозным евреем и участником движения «Бриха» Мордехаем Шенкаром, ученым и убежденным патриотом Израиля Шаей Биликом, видным польским сионистом Иосифом Меллером и многими другими.

После освобождения, в сентябре 1954 года, Меир поехал в Жмеринку к родителям. Возвращался домой он через Москву, где Иосиф Меллер попросил его зайти к Вере Федоровне Левчак, терапевту, которая много помогала заключенным во время своей работы в Ухтпечлаге. Придя к Вере Федоровне, чей муж также был репрессирован, Гельфонд не только передал привет от Меллера, но и познакомился со своей будущей женой – Мариной Долгоплоск, дочерью хозяйки.

В крупных городах Украины бывшему политическому заключенному проживать не разрешалось. Побыв до декабря 1954 года у родителей в Жмеринке, Гельфонд был вынужден уехать в Караганду, где поступил в медицинский институт. Одержимый профессией врача, бывший политзек успевал прекрасно учиться и подрабатывать фельдшером. Вместе с тем годы отсидки в лагере лишь убедили Меира в правильности своих убеждений. Вскоре в Караганде нашлись и соратники: бывшие заключенные сионисты под предводительством инженера-электрика Иоcифа Курицкого. Благодаря Гельфонду сионисты организовали доставку в Караганду материалов из израильского посольства. Наладить связь с израильским посольством в Москве Меиру Гельфонду удалось через сионистов Менахема Леви и Якова Эйдельмана, с которыми он также познакомился в лагере.

В январе 1957 года тучи над карагандинскими сионистами стали сгущаться. Меир заметил за собой слежку, а вскоре его друзей по кружку Курицкого стали вызывать на допросы. Вскоре Меира, ехавшего с ночного дежурства на рабочем поезде, задержали для выяснения личности. Речь шла о какой-то краже, но милиционеры вели себя очень странно. Хорошо знакомый с советской карательной системой, Гельфонд сразу почуял неладное. Из Караганды ему пришлось уехать в Калинин, где он продолжил учебу в местном мединституте.

Еще одним связным Меира Гельфонда с Израилем был старый знакомый Иосиф Меллер, уехавший в Эрец-Исраэль через Польшу. Попав на работу в «Лишкат Акешер» («Бюро по связям»), спецслужбу, ответственную за контакты с евреями в СССР, Меллер отрекомендовал Гельфонда как надежного человека. Вскоре из Израиля передали, чтобы Меир и его возлюбленная, Марина Долгоплоск, готовились выехать в Польшу. Для этой операции молодым людям были подобраны фиктивные «жених» и «невеста», репатриировавшиеся в ПНР. Однако в самый последний момент операция отменилась. В конце 1957 года срок, когда Гельфонд мог покинуть СССР, истек, и его «супруге», уже находившейся в Польше, пришлось уезжать в Израиль одной.

В конце 1958 года Меир оформил брак с Мариной и переехал в Москву, а в 1959 году перевелся на учебу из Калининского мединститута в советскую столицу. Получив диплом, он устроился на должность врача-терапевта в Первом и Втором медицинских институтах. Через несколько лет у пары родилась дочка – Cимона.

В шестидесятые годы столичная квартира Гельфонда стала местом ночевки и своеобразным штабом еврейских активистов, приезжавших в Москву из Риги, Киева, Одессы, Вильнюса, других городов. Связь с израильским посольством он не прерывал, получая через специальных курьеров, приезжавших в Советский Союз, деньги на подпольную работу. В 1963 году под руководством Гельфонда разрозненные группы сионистов смогли провести первую совместную акцию. Его товарищу по Речлагу, Иосифу Хоролу, удалось напечатать и размножить в Риге брошюры со стихотворениями Бялика, статьями Жаботинского и конспектом книги «Эксодус» американского писателя Леона Юриса. Из Риги Хорол перевез «самиздат» в Москву. Оттуда Гельфонд с товарищами организовал распространение брошюр по городам Советского Союза. Дальше «самиздат» размножали на печатных машинках, купленных на деньги «фонда Гельфонда», машинистки, чей труд оплачивался из того же фонда. В сети состояли и переводчики, и распространители, занимавшиеся подпольной работой, постоянно рискуя загреметь за решетку вместе со своим лидером.

К сентябрю 1968 года отдельные семьи в Союзе стали получать разрешения на выезд в Израиль. Для подготовки начавшейся aлии Меир Гельфонд решил поменять тактику. Из отдельных групп он создал единую неформальную организацию с четким распределением функций и общим руководством. Второй амбициозной целью стало создание сети ульпанов, в том числе детских, а также подготовка учителей иврита и обеспечение подпольных курсов учебными пособиями. В среде московских сионистов появилась и новая форма массовых мероприятий – проводы репатриантов в Израиль, куда съезжались люди из различных городов.

Вся эта опасная общественная деятельность проходила на фоне защиты Гельфондом кандидатской диссертации, посвященной применению лекарственных препаратов при лечении сердечной недостаточности.