Мальчик уже и не рассчитывал увидеть свою сестру, но однажды в декабре, откуда ни возьмись, в Глубоком появилась Рахиль. Работая в гетто, он смогла избежать депортации и расстрела свенцянских евреев. Рахиль прекрасно говорила по-польски, а из Свенцян в Глубокое ее перевез на телеге крестьянин-католик, правда, небесплатно. В конце декабря брат и сестра снова оказались в опустевших Свенцянах.
 

В гетто оставалось 500 евреев, в большинстве своем мастеровые и их семьи, которые были оставлены немцами для разных необходимых им работ. Ицхака нелегально приютила в своем маленьком домике одна еврейская семья, но в самом начале февраля 1942 его схватили литовские полицаи, которые искали людей, не имевших разрешения на работу. На счастье, литовцам были нужны люди — для работы на складах трофейного оружия. В первый же день Ицхак смог незаметно сунуть под рубашку обрез, став первым в гетто человеком, у которого появилось оружие. Через несколько недель пистолетов и винтовок, добытых и на складе, и в довоенных тайниках местных жителей, хватало уже на десяток бойцов. 
 

В апреле 1942 года это оружие пришлось закопать, чтобы не быть разоблаченными гестапо, но восполнить потерю помогли местный коммунист-литовец и его знакомый, бывший сержант советской милиции: евреи поддерживали с ними подпольную связь.

Тема ухода из гетто в леса не сходила у Ицхака и его товарищей с повестки дня. Особенно повлияли на них слухи о действовавших в округе советских партизанах. Вскоре по Свенцянам пронеслась новость: 19 мая 1942 года советские партизаны уничтожили недалеко от местечка двух немецких офицеров. Засадой руководил Федор Марков, бывший учитель истории в советской еврейской школе и член Верховного совета Белорусской ССР. Весть о появлении Маркова, которого молодые евреи отлично знали, поскольку были его учениками в «Фолксшуле», стала для них большой поддержкой.

Песах 1943 года Ицхак вместе с товарищами по подполью уже отмечал в лесу, где они оборудовали хорошо замаскированный лагерь. В середине мая к ним в лагерь пришли два партизана, воевавшие в отряде имени Чапаева, и забрали ребят к себе.

Чапаевцы располагались у местечка Козяны, в глубоком лесу. Через несколько дней командир отряда, Николай Сидякин, собрал присоединившихся к отряду евреев и скомандовал — добыть в селах оружие. Те пистолеты и обрезы, которые Ицхак с друзьями принесли с собой, оказались самым лучшим оружием в отряде; Сидякин сразу же забрал их и отдал старым бойцам. Этого Ицхак не ожидал, но делать было нечего. Новое оружие пришлось отбирать у крестьян, насобиравших его по полям сражений.

В отряде имени Чапаева Ицхак пробыл недолго. После высадки в расположении чапаевцев литовских партизан-коммунистов под командованием Мотеюса Шумаускаса его, как бывшего жителя Литовской ССР, перевели в отряд «Жальгирис». Ицхак вошел в состав подразделения «Вильнюс», насчитывавшего 24 бойца. У многих в оккупированной Литве жили родные, поэтому все партизаны взяли себе фиктивные имена и фамилии: так Ицхак стал Толькой-партизаном, Анатолием Куницким.

После нескольких дней пребывания в лесу Ицхак был послан с другими партизанами заминировать железнодорожную линию на отрезке между Ново-Свенцянами и Подбраде. Заложив в первый раз в жизни пехотную мину под рельс, Ицхак со своим командиром, Бондаросом, заслышали подходивший к насыпи патруль. Спрятавшись на вершине небольшого холма, партизаны увидели вдалеке огни приближающегося состава. Вскоре раздался страшный взрыв и вырос столп огня, а немецкий патруль, подбежавший к месту крушения, начал стрелять в сторону леса. Первая «охота» завершилась удачно. Сообщение было немедленно передано в штаб литовских партизан в СССР. 

Советское партизанское командование зачастую испытывало недоверие к бежавшим из гетто евреям. Антисемитизм в своих рядах многие командиры считали вполне нормальным явлением, но Ицхак доказал: евреи могут воевать! В отряд «Жальгирис» приняли и других его товарищей.

Их серьезным противником на этом участке были латыши, стоявшие в деревне Ольшево. Как вспоминал Арад, в конце концов они пошли на хитрость: в соседнее с Ольшевом село отправили трех еврейских бойцов, которые начали отбирать у крестьян еду, громко разговаривая на идиш. Тем временем почти все бойцы «Вильнюса» залегли в засаде на выходе из деревни. Пропустив крестьянина на лошади, поскакавшего за латышами, партизаны приготовились к бою. Тот день латышские добровольцы запомнили надолго: обстреляв поспешившую в Ольшево колонну из пулеметов и автоматов, партизаны успешно отвадили приспешников Гитлера от дальнейших вылазок.

Помимо рядовых операций по подрыву эшелонов и нападений на вражеские заставы, Ицхак принимал непосредственное участие и в совсем уж дерзких акциях. Так, в конце марта 1944 года звено Ицхака из 5 бойцов, одевшись в крестьянскую одежду, средь бела дня приехало на санях в Свенцяны и ликвидировало германского губернатора округа Фрица Олия и его заместителя Хайдмана.

После того как в плен к литовским коллаборационистам попал командир одной из боевых групп «Вильнюса», лейтенант Семенов, Ицхак вызвался его спасать. Подстреленный Семенов лежал в больнице в Свенцянах, к нему была приставлена охрана. Охранника у входа в здание партизаны отключили ударом приклада. Ицхак, с автоматом ППШ наперевес, побежал искать Семенова по палатам. Через несколько минут раненого командира удалось найти и вывести на улицу. Смельчаки смогли уйти к своим, взяв при этом одного языка-литовца.

Партизанская война закончилась для Ицхака 6 июля 1944 года в Свенцянах. Через некоторое время Ицхаку стало известно, что его сестра Рахиль выжила и находится в Вильно. Как оказалось, Рахиль воевала в отряде из Рудницких лесов и участвовала в освобождении города.

После организации учреждений местной советской власти соединение «Вильнюс» было распущено, а часть его бойцов, включая Ицхака, поступила на работу в милицию. Хорошо зная леса, они боролись с литовскими «лесными братьями». Люто ненавидя коммунистов и евреев, сдаваться литовцы не собирались, нападая даже на небольшие воинские подразделения, не говоря о местных милиционерах и активистах. Воевали «зелёные» умело, но в конце концов были разбиты.

Свой долг перед СССР Ицхак выполнил сполна, а что делать дальше, он знал: после падения Германии он обязательно доберется в страну Израиля! Находясь в Вильно, он узнал, что, по соглашению между Советским Союзом и правительством Польши, бывшие польские граждане могли вернуться в Польшу. Но будучи сотрудником милиции, просто так уехать он не мог. Пришлось инсценировать свою смерть. Ицхак сказал коллегам, что пойдет к девушке, ночью пострелял у леса, имитируя свой захват в плен литовцами, и скрылся. В Польшу он прибыл 8 мая 1945 года, за день до конца войны с гитлеровской Германией.

Поселившись в Лодзи, Ицхак начал поиск своих родителей, которых не видел с декабря 1941 года. Но, приехав в Варшаву, он не смог даже с точностью определить, где стояли его дом и школа: весь район представлял собой груду камней и железа. Молодой ветеран узнал, что вся его улица была отправлена в лагеря смерти, и его родителей уже давно нет в живых. В Польше дел у него больше не было.

В июне 1945 года Ицхак выехал из Польши по поддельным греческим документам. До итальянской Падуи Рудницкий добирался один, хотя до этого успел вступить в группу «Партизаны, солдаты и халуцы», обратившуюся за помощью в переправке в Эрец-Исраэль к движению «Ха-кибуц Ха-меухад». Именно тогда Толька-партизан стал Ицхаком Арадом, хотя на свое партизанское прозвище все равно продолжал отзываться.

В середине октября 1945 года корабль «Хана Сенеш», на борту которого был Ицхак Арад, отплыл в направлении Подмандатной Палестины. В ночь на 25 декабря 1945 года нелегальные репатрианты приблизились к побережью в районе Нагарии и смогли выйти на берег.

Первые шаги на родине Арад сделал в кибуце Ягур, снимая там жилье у композитора Иегуды Шарета. Мечтая когда-то в белорусских лесах работать в кибуце, Ицхак очень полюбил Ягур, но начиналась финальная борьба за страну. Как опытный воин, Арад Ицхак решил завербоваться в Пальмах. Кибуцники пытались его отговорить, заявляя, что он еще мало знал о стране, но Арад был неумолим.

Вскоре в страну нелегально прибыла Рахиль, и он, при ее моральной поддержке, начал готовиться к обороне Эрец-Исраэль. Ицхак присоединился к формировавшейся летной части Пальмаха, выполняя учебные полеты и параллельно учась на курсах офицеров-подрывников. В декабре 1947 года полеты прекратились, и Ицхак, как подрывник, участвовал в операциях против деревень Саламе и Яазур, из которых постоянно обстреливались еврейские кварталы Тель-Авива. Пожалуй, одной из самых эффектных акций того времени был взрыв на месте сбора главарей арабской группировки из Рамле. Именно Арад изготовил бомбу, замаскированную под корзину с фруктами, которая положила конец банде.

Когда летчики приготовились лететь на обучение в Чехословакию, Арад c удивлением узнал, что у него дальтонизм. C авиацией было покончено, а службу в штабе он отверг. Он окончательно перешел в подрывники. Командуя подрывниками, в апреле 1948 года Ицхак Арад участвовал в широкомасштабной военной операции под названием «Нахшон», результатом которой стал прорыв блокады Иерусалима. Прорвавшись в еврейскую столицу, Арад тут же принял участие в битве за район Шейх-Джаррах, деблокации пути к горе Скопус и очистке от неприятеля района Катамон. В перерыве между боями, в июне 1948 года, он женился на Михаль Финкельштейн из мошава Яркон, с которой он познакомился во время войны.

Битв в жизни Арада было еще много. После Войны за независимость Израиля он служил в бронетанковых корпусах, учился в командном училище. После Синайской операции принял командование 227-м танковым батальоном М4 «Шерман». Во время Шестидневной войны он помогал Ицхаку Хофи в его работе в качестве командира оперативного отдела в Генеральном штабе. 

После войны он служил начальником штаба резервной дивизии и параллельно получил степень бакалавра истории и политологии в Тель-Авивском университете. В июне 1968 года Арад стал обладателем магистерской степени в изучении Холокоста, а через несколько лет стал доктором.

В 1972 году министр просвещения и культуры Игаль Алон предложил Араду возглавить Яд ва-Шем. Невероятно плодотворная работа Ицхака Арада на этом поприще продолжалась до 1993 года. Он исследовал Вторую мировую войну и Холокост, опубликовав множество книг, выступал и как автор, и как редактор изданий по этим темам. Одним из наиболее знаковых проектов, в которых он участвовал, была публикация «Энциклопедии Холокоста», всестороннего исследования в пяти томах, вышедшей в 1990 году. В 2004 году Институт Яд ва-Шем наградил Арада «Мемориальной премией Джейкоба Бухмана», которая ежегодно присуждается писателям, художникам и исследователям, участвующим в увековечивании памяти жертв Холокоста. Арад получил премию за свою книгу «История Холокоста – Советский Союз и присоединенные территории».

В 2007 году в жизни 81-летнего Арада наступил еще один этап. В Литве историка обвинили в участии в убийствах гражданских лиц и участников литовского сопротивления. Ицхак был крайне удивлен: никаких фактов у следствия не было, а все обвинение строилось на его собственных мемуарах. В них он ничего не таил, вполне открыто рассказывая, как выглядела война против коричневой чумы изнутри. В одном из своих интервью Арад раскрыл подробности общения с литовскими правоохранителями: «Я сказал – хорошо, я приеду и расскажу правду: как служащие литовских полицейских батальонов стреляли в наших детей». Примерно через полгода абсурдное дело развалилось и было закрыто. Всю эту кампанию ветеран объяснял желанием правых политических сил Литвы очистить собственную историю, при этом подчеркивая: «И это в Литве, где по сей день за сотрудничество с нацистами официально не осужден ни один человек».

Ветерана, всемирно известного историка не стало 6 мая 2021 года. Ицхак Арад был похоронен на кладбище в кибуце Эйнат, рядом со своей женой Михаль.