22 червня 1941 року союзник СРСР, гітлерівська Німеччина, повернув свою зброю проти колишнього партнера. Прекрасно пам'ятаючи про бешкетування німців у Варшаві, 14-річний Іцхак вирішив зі Свенцян терміново йти. На четвертий день війни, рано-вранці, він попрощався з Рахил’ю та всіма родичами, і разом із двоюрідним братом, Йоською Рудницьким, та другом, Гришкою Баком, попрямував у бік лісу Ходоцишки. Перша спроба піти від німців у хлопців провалилася. Приблизно за 8 кілометрів від містечка хтось обстріляв їх із гвинтівок та автоматів. Ще більше на них подіяли трупи євреїв, розстріляних неподалік цієї засідки. Втікачі спішно повернулися до Свенцяни.

З приходом німців литовці взяли владу до своїх рук. Євреїв били на вулицях, грабували, хапали та везли на каторжні роботи. На прибиранні у литовського офіцера опинився після однієї з облав і Іцхак, який отримав до кінця дня «заробіток» у вигляді тумаків. Життя євреїв з кожним днем ставало все більш нестерпним.

Наприкінці вересня, напередодні єврейського Нового року, Свенцянами пішла чутка про швидку висилку євреїв у табір Полігон, за 12 кілометрів від містечка. І справді, 26 вересня 1941 року містечко оточили литовські поліцейські та есесівці. Євреям оголосили, що завтра вони будуть депортовані до Полігона. До вечора дванадцять хлопців, серед яких були двоюрідний брат Іцхака, Моше-Юдка, та його товариш, Юдка Шапиро, зібралися тікати.

Після важкого розлучення з рідними Іцхак із товаришами через поля пішов до шосе. Після довгих поневірянь хлопці вирішили розділитись і малими групами пробиратись у містечко Глибоке, де все ще залишалося багато євреїв. Із чотирьох трійок, на які розділилася група, що вийшла зі Свенцян, до Глибокого змогли дістатися лише три. Трійка на чолі з Юдкою Шапиро, полум'яним сіоністом, який мріяв працювати в кібуці, була схоплена поліцією в містечку Дуниловичи та розстріляна. Вже в Глибокому, прямо на вулиці, схопили і ввечері того ж дня вбили на території сусіднього табору для військовополонених ще одного товариша Іцхака.

Хлопчик уже й не розраховував побачити свою сестру, але одного разу в грудні, звідки не візьмись, у Глибокому з'явилася Рахіль. Працюючи в гетто, він змогла уникнути депортації та розстрілу свенцянських євреїв. Рахіль чудово говорила польською, а зі Свенцян у Глибоке її перевіз на возі селянин-католик, щоправда, не безплатно. Наприкінці грудня брат і сестра знову опинилися в спорожнілих Свенцянах.

У гетто залишалося 500 євреїв, здебільшого майстрові та їхні сім'ї, які були залишені німцями для різних необхідних їм робіт. Іцхаку нелегально дала притулок у своєму маленькому будиночку одна єврейська родина, але на самому початку лютого 1942 його схопили литовські поліцаї, які шукали людей, які не мали дозволу на роботу. На щастя, литовцям потрібні були люди – для роботи на складах трофейної зброї. Першого ж дня Іцхак зміг непомітно сунути під сорочку обріз, ставши першою в гетто людиною, у якої з'явилася зброя. За кілька тижнів пістолетів та гвинтівок, здобутих і на складі, і в довоєнних схованках місцевих жителів, вистачало вже на десяток бійців.

У квітні 1942 року цю зброю довелося закопати, щоб не бути викритими гестапо, але доповнити втрату допомогли місцевий комуніст-литовець та його знайомий, колишній сержант радянської міліції: євреї підтримували з ними підпільний зв'язок.

Тема відходу з гетто у ліса не сходила в Іцхака та його товаришів з порядку денного. Особливо вплинули на них чутки про діючих в окрузі радянських партизанів. Незабаром Свенцянами промайнула новина: 19 травня 1942 року радянські партизани знищили неподалік містечка двох німецьких офіцерів. Засідкою керував Федір Марков, колишній учитель історії у радянській єврейській школі та член Верховної ради Білоруської РСР. Звістка про появу Маркова, якого молоді євреї добре знали, оскільки були його учнями у «Фолксшуле», стала для них великою підтримкою.

Песах 1943 року Іцхак разом із товаришами по підпіллі вже відзначав у лісі, де вони обладнали добре замаскований табір. У середині травня до них у табір прийшли два партизани, які воювали в загоні імені Чапаєва, і забрали хлопців до себе.

Чапаєвці розташовувалися біля містечка Козяни, у глибокому лісі. За кілька днів командир загону, Микола Сідякін, зібрав євреїв, що приєдналися до загону і скомандував – добути в селах зброю. Ті пістолети та обрізи, які Іцхак з товаришами принесли з собою, виявилися найкращою зброєю в загоні; Сідякін відразу ж забрав їх і віддав старим бійцям. Цього Іцхак не очікував, але робити було нічого. Нову зброю довелося відбирати у селян, що назбирали її по полях битв.

У загоні імені Чапаєва Іцхак пробув недовго. Після висадки у розташуванні чапаївців литовських партизан-комуністів під командуванням Мотеюса Шумаускаса його, як колишнього жителя Литовської РСР, перевели до загону «Жальгирис». Іцхак увійшов до складу підрозділу «Вільнюс», який налічував 24 бійці. У багатьох в окупованій Литві жили рідні, тож усі партизани взяли собі фіктивні імена та прізвища: так Іцхак став Толькою-партизаном, Анатолієм Куницьким.

Після кількох днів перебування у лісі Іцхак був посланий з іншими партизанами замінувати залізничну лінію на відрізку між Ново-Свенцянами та Подбраде. Заклавши вперше в житті піхотну міну під рейку, Іцхак зі своїм командиром, Бондаросом, почули патруль, що підходив до насипу. Сховавшись на вершині невеликого пагорба, партизани побачили вдалині вогні складу, що наближається. Невдовзі пролунав страшний вибух і виріс стовп вогню, а німецький патруль, що підбіг до місця аварії, почав стріляти у бік лісу. Перше «полювання» завершилося вдало. Повідомлення було негайно передано до штабу литовських партизанів у СРСР.

Радянське партизанське командування найчастіше відчувало недовіру до євреїв, що втекли з гетто. Антисемітизм у своїх лавах багато командирів вважали цілком нормальним явищем, але Іцхак довів: євреї можуть воювати! У загін «Жальгирис» прийняли і інших його товаришів.

Їхнім серйозним противником на цій ділянці були латиші, що стояли в селі Ольшево. Як згадував Арад, врешті-решт вони пішли на хитрість: у сусіднє з Ольшевом село відправили трьох єврейських бійців, які почали відбирати у селян їжу, голосно розмовляючи на ідиш. Тим часом, майже всі бійці «Вільнюса» залягли в засідці на виході із села. Пропустивши селянина на коні, що поскакав за латишами, партизани приготувалися до бою. Той день латиські добровольці запам'ятали надовго: обстрілявши, що поспішила в Ольшево колону з кулеметів і автоматів, партизани успішно відвадили поплічників Гітлера від подальших вилазок.

Крім рядових операцій з підриву ешелонів і нападів на ворожі застави, Іцхак брав безпосередню участь і в зовсім вже зухвалих акціях. Так, наприкінці березня 1944 року ланка Іцхака із 5 бійців, одягнувшись у селянський одяг, серед білого дня приїхала на санях у Свенцяни та ліквідувало німецького губернатора округу Фріца Олія та його заступника Хайдмана.

Після того як у полон до литовських колабораціоністів потрапив командир однієї з бойових груп «Вільнюса», лейтенант Семенов, Іцхак зголосився його рятувати. Підстрелений Семенов лежав у лікарні у Свенцянах, до нього було приставлено охорону. Охоронця біля входу до будівлі партизани відключили ударом прикладу. Іцхак, з автоматом ППШ на перевагу, побіг шукати Семенова по палатах. За кілька хвилин пораненого командира вдалося знайти та вивести на вулицю. Сміливці змогли піти до своїх, взявши при цьому одного язика-литовця.

Партизанська війна закінчилася для Іцхака 6 липня 1944 року у Свенцянах. Через деякий час Іцхаку стало відомо, що його сестра Рахіль вижила і перебуває у Вільно. Як виявилося, Рахіль воювала у загоні із Рудницьких лісів та брала участь у звільненні міста.