נושא עזיבת גטו ליער כמעט תמיד היה בסדר היום של יצחק וידידיו. עליהם במיוחד השפיעו שמועות על פרטיזנים סובייטים שפעלו באזור שלהם. בקרוב בשווינציאן התגלגלה החדשה: ב-19 במאי 1942 פרטיזנים סובייטיים הרגו שני קצינים גרמניים סמוך לעיירה. פיודר מקרוב, המורה להיסטוריה לשעבר בבית ספר יהודי וחבר המועצה העליונית של רפובליקה בלארוסית, ניהל את המארב. החדשה על הופעת מקרוב שיהודים צעירים הכירו אותו מצוין כי הם היו התלמידים שלו ב-"פולקשולע", הייתה לתמיכה גדולה בשבילם.

את פסח 1943 יצחק יחד עם ידידיו במחתרת חגג כבר ביער שבו הם הקימו מחנה מוסווה היטב. באמצע מאי הגיעו אליהם למחנה שני פרטיזנים שנלחמו ביחידת ע''ש צ'פאייב ולקחו את הבחורים אליהם.

לוחמי היחידת צ'פאייב נמצאו ליד עיירת קוזיאן עמוק ביער. כעבור כמה ימים מפקד היחידה ניקולי סידיאקין קיבץ את היהודים שהצטרפו אליהם וציווה להם להשיג נשק בכפרים. האקדחים ואקטועים שיצחק עם ידידיו הביא ליחידה, היו הטובים ביותר; סידיאקין מייד לקח אותם ולחלק בין הלוחמים הוותיקים. יצחק לא חיכה לזה, אבל לא היה מה לעשות. הבחורים נאלצו לקחת נשק חדש מאיכרים שאספו אותו בשדות הקרב.

ביחידת ע''ש צ'פאייב יצחק לא היה זמן רב. לאחר הצנחת פרטיזנים-קומוניסטים ליטאיים תחת פיקודו של מוטיוס שומאוסקס במיקום היחידה, אותו, כתושב הרפובליקה הליטאית לשעבר, העבירו ליחידת "ז'לגיריס". יצחק נכנס לצוות היחידת "וילנה" שנמנה 24 לוחמים. לרובם בליטא הכבושה גרו קרוביהם, לכן כל הפרטיזנים לקחו לעצמם שמות פרטים ושמות משפחה מזויפים: כך יצחק הפך לטולקה הפרטיזן, אנטוליי קוניצקי.

כעבור כמה ימים היותו ביער, יצחק ופרטיזנים אחרים נשלחו למקש מסילת ברזל בקטע הדרך בין נובו-שווינציאן ופודברדי. יצחק שטמן מוקש מתחת לפסי רכבת בפעם הראשונה בחייו, שמע יחד עם המפקד שלו בונדרוס את הסיור השוטרים המתקרבים לתל. אחרי שפרטיזנים התחבאו בפסגת תל קטן, הם ראו מרחוק אורות הרכבת המתקדמת. בקרוב נשמע פיצוץ נורא ועלה עמוד עשן, והסיור הגרמני שרץ למקום התנואה, התחיל לירות לעבר היער. "הציוד" הראשון עבר בהצלחה. ההודעת מייד נמסרה למטה הפרטיזניים הליטאיים בברית המועצות.

הפיקוד הסובייטי של פרטיזנים לעיתים קרובות הרגיש אי אמון ליהודים שברחו מגטו. רוב המפקדים קיבלו אנטישמיות כתופעה יומיומית, אבל יצחק הוכיח דבר הפוך: יהודים יכולים להילחם! ליחידת "ז'לגיריס" קיבלו גם חבריו האחרים בנשק.

במגזר זה האויב הרציני שלהם היו לטביים שעמדו בכפר אולשבו. לפי זיכרונות של ארד בסופו של דבר הם עשו תכסיס: לכפר השכן שלחו שלושה לוחמים יהודיים שהתחילו לקחת מאיכרים אוכל ודיברו ביידיש בקול רם. בינתיים כמעט כל הלוחמים של "וילנה" ישבו במארב ביציאה מהכפר. מתנדבים לטביים יזכרו את היום ההוא לכל חייהם: פרטיזנים פתחו אש על הטור הבא לאולשב ממקלעים ורובים והצליחו למנוע תומכי היטלר ממבצעים באים.

חוץ ממבצעים רגילים לפיצוץ רכבות ותקיפות על עמדות האויב, יצחק השתתף באקציות די חצופות. כך בסוף מרץ 1944 קבוצה של יצחק שכללה 5 לוחמים לבושים בבגדי איכרים, באמצע היום נסעה לשווינציאן וחיסלה את פריץ אוליה, מושל המחוז וסגנו של חיידמן.
לאחר מפקד אחת הקבוצות הקרביות של "וילניוס", סגן סמיונוב, נפך לשבי של משת''פים הליטאיים, יצחק התנדב להציל אותו. סמיונוב הפצוע שכב בבית חולים בשווינציאן, שמו עליו שמירה. פרטיזנים ניתקו את השומר ביציאה מהבניין בכמת הקת. יצחק עם המקלע פפ''ש השלוף רץ לחפש את סמיוניב בחדרי בית החולים. כעבור כמה דקות הצליחו להוציא את המפקד הפגוע חוצה. האמיצים יכלו לעזור ליחידה שלהם ואף לקחו חשבי ליטאי.

המלחמה הפרטיזנית בשביל יצחק הסתיימה בשווינציאן ב-6 ביולי 1944. כעבור זמן מה נודע ליצחק כי אחותו רחל שרדה ונמצאת בווילנה. התברר שרחל נלחמה ביחידה קרבית מיערות רודניצי והשתתפה בשחרור העיר.

לאחר ארגון מוסדות מקומיים לשלטון הסובייטי, יחידת "ווילנה" התפרקה וחלק לוחמיה, כולל יצחק, התקבל לעבוד במשטרה. הם ידעו יערות טוב מאוד ונלחמו עם "אחי מיערות" הליטאיים. הם לא התכוונו להיכנע ושנא קומוניסטים ויהודיים כל ליבם, תקפו אפילו יחידות צבאיות קטנות, שלא לדבר על שוטרים ופעילים מקומיים. "הירוקים" נלחמו בחוכמה, אך בסופו של דבר הובסו.

יצחק מילא את חובתו כלפי ברית המועצות במלאותה, הוא ידע מה לעשות הלאה: לאחר מתקפת גרמניה הוא חייב לעלות לארץ ישראל! בהיותו בווילנה הוא ידע שלפי ההסכם בין ברית המועצות וממשלת פולין, אזרחי פולין לשעבר יכלו לחזור לפולין.

אך הוא שימש כשוטר ולכן לא היה יכול לעזוב את תפקידו בקלות. הוא נאלץ לזייף את מותו. יצחק אמר לעמיתיו שילך אל החברה שלו, בלילה הוא ירה ליד היער כדי לזייף את הנפילת לשבי הליטאי, ונמלט. הוא הגיע לפולין ב-8 במאי 1945, יום לפני סיום המלחמה עם גרמניה היטלרית.

יצחק התיישב בלודז' והתחיל לחפש את הוריו שהוא לא ראה אותן מדצמבר 1941. אך לאחר הגעתו לוורשה הוא אף לא היה יכול להגיד בטוח איפה היו ביתו ובית ספר שלו: כל השכונה היוותה ערימת אבנות ומתכת. הוותיק הצעיר ידע שכל הרחוב שלו נשלח למחנות השמדה, והוריו כבר לא בחיים. בפולין לא היו לו מה לעשות עוד.

ביוני 1945 יצחק עזב את פולין בעזרת המסמכים היווניים המזויפים. לפדובה האיטלקית רודניצקי השיג לבד, אך לפני זה הוא אף הספיק להצטרף לקבוצת "פרטיזנים, חיילים וחלוצים" שפנתה לתנועת "הקיבוץ המיוחד" לעזרה עם מעבר אנשים לארץ ישראל. דווקא אז טולקה הפרטיזן הפך ליצחק ארד, למרות שהוא עדיין המשיך להגיב על הכינוי הפרטיזני שלו.

באמצע אוקטובר 1945 ספינה "חנה סנש" עליה היה יצחק ארד, הפליגה לכיוון פלשתינה תחת המנדט הבריטי. בלילה ל-25 בדצמבר 1945 עולים בלתי חוקיים התקרבו לחוף הים באזור נהריה וירדו.

הצעדים הראשונים במולדתו ארד עשה בקיבוץ יגור, שם הוא שכר דירה אצל המלחין יהודה שרת. יצחק שפעם ביערות בלארוס חלם לעבוד בקיבוץ, אהב את יגור מאוד, אך פרץ המאבק האחרון בעד המדינה. כלוחם מנוסה, ארד יצחק החליט להתגייס לפלמ''ח. קיבוצניקים ניסו להניא אותו מזה ואמרו שהוא לא ידע כלום על המדינה, אבל בשביל ארד לא הייתה דרך חזרה.

בקרוב אחותו רחל הגיעה למדינה בלתי חוקית, הודות לתמיכה נפשית שלה יצחק התחיל להתכונן להגנת ארץ ישראל. הוא הצטרף למחלקת הטיס של הפלמ''ח, ביצע מסע אימונים ולמד בקורסים של קציני חבלה. בדצמבר 1947 הטיסות תסתיימו ויצחק כקצין חבלה השתתף במבצעים נגד כפרים סלמה ויאזור מהם ירו שכונות תל אביב ללא הפסקה. ייתכן, אחד המבצעים היעילים ביותר בזמן ההוא היה פיצוץ במקום האסיפה של ראשי הכנופיה הערבית ברמלה. דווקא ארד המציא את הפצצה שהוסוותה כסל עם פירות ששמה קץ לפעילות הכנופיה.

כאשר טייסים התכוננו לטוס ללמוד בצ'כוסלובקיה, ארד הופתע לדעת שהיה לו עיוורון צבעים. הוא השאיר את חיל האוויר וסירב משירות במטה. הוא נשאר לשרת בשירות חבלה לגמרי. באפריל 1949 יצחק ארד השתתף במבצע צבאי רחבת היקף תחת השם "נשחון", תוצאתו הייתה פריצת מצור ירושלים. לאחר פריצה לבירה יהודית ארד מייד השתתף במאבק בעד אזור שייח-ג'ראח, שחרור מסלול להר הצופים ופינוי אזור כתמון מהאויב. בהפסקה בין המאבקים ביוני 1948 הוא התחתן עם מיכל פינקלשטיין ממושב יארקון שהכיר אותה בזמן המלחמה.

בחיי ארד עוד היו הרבה קרבים. לאחר מלחמת העצמאות הוא שירת בחיל שריון, למד במכללה המפקדים. אחרי קרב השריון הוא לקחת את הפיקוד של חטיבת השריון ה-227 M4 "שרמן". בזמן מלחמת ששת הימים הוא עזק ליצחק חופי בעבודתו כמפקד המחלקה המבצעת במטה הכללי.

אחרי המלחמה הוא שירת כראש המטה של דיוויזית הגיבוי ובמקביל קיבל תואר ראשון להיסטוריה ומדע המדינה באוניברסיטת תל אביב. ביוני 1968 ארד היה בעל תור שני במחקר השואה, וכעבור כמה שנים הפך לבעל התאור השלישית.

בשנת 1972 שר תרבות יגאל אלון הציע לארד לעמוד בראש יד ושם. העבודה הפעילית לא ייתכנת של יצחק ארד בתחום זה נמשך עד שנת 1993. הוא חקר את מלחמת העולם השנייה ושואה, פרסם מספר ספרים, הציג כמחבר ועורך הוצאות בנושאים האלה. אחד הפרויקטים הבולטים שבהם הוא השתתף היה פרסום "האנציקלופדיה של השואה", המחקר מקיף בחמישה כרכים שהוציא לאור ב-1990. בשנת 2004 מכון יד ושם להעניק לארד "פרס הזיכרון של יעקב בוכמן" שמעניקים אותו מדי שנה לכותבים, ציירים וחוקרים שמשתתפים בהנצחת הזיכרון של קורבנות השואה. ארד קיבל מענק בעד ספרו "תולדות השואה: ברית המועצות ושטחים מסופחים".
בשנת 2007 בחיי ארד בן 81 החלה תקופה עוד אחת. בליטא האשימו את היסטוריון בשיתוף להרג אזרחים ומשתתפי התנגדות ליטאית. יצחק הופתע מאוד: לחקירה לא היו שום הוכחות, וכל האישום בוסס על זיכרונות שלו. בהם הוא לא הסתיר כלום, הפוך, סיפר בגלוי איך נראתה המלחמה נגד אסאה מבפנים. באחד הראיונות שלו ארד סיפר פרטים תקשורת עם שוטרים ליטאיים: "אמרתי – טוב, אגיע ואספר את האמת: איך פקידים של גדודי המשטרה ירו בילדים שלנו". כעבור שנה התיק האבסורדי התפרק ונסגר. את כל הקמפיין זה הוותיק הסביר ברצון כוחות פוליטיים ימינים של ליטא לנקות את ההיסטוריה משלהם. יצחק הדגיש: "וזה בליטא, שבה עד היום לא האשימו אף אחד על שיתוף פעולה עם פשיסטים ".

וותיק המלחמה, היסטוריון בעל שם עולמי הלך לעולמו ב-6 בשנת 2021. יצחק ארד נקבר בבית העלמין בקיבוץ עינת ליד אשתו מיכל.