З січня 1935 до осені 1937 року, відгукнувшись на заклик уряду, Вайсман жив у Біробіджані, де працював перекладачем і літературним працівником газети «Біробіджанер штерн», а також викладав єврейську мову в залізничному технікумі. Однак Єврейська автономія його розчарувала: вона була абсолютно не пристосована для приймання людей - важкі умови, нема роботи, розрекламоване майбутнє Біробіджана, це селище без елементарної інфраструктури. Надії на розквіт єврейської культури в цих краях були примарні. Через два роки сім’я Вайсман повернулась в Київ. Офіційна причина – через стан здоров’я Песі Марківни, якій категорично не підходив далекосхідний клімат.

В Києві, з 1937 до червня 1941 року, Вайсман працював коректором в газеті «Дер штерн». Коли почалась війна, про евакуацію єдиної єврейської газети та її співробітників ніхто не подбав. Сім’ї Вайсмана з великими складностями вдалось евакуюватись на Волгу, а потім у Сибір, де Барух, хоч і в статусі вільнонайманого, побачив сувору реальність радянських трудових таборів.

В трагічній історії Баруха Вайсмана відобразилась доля багатьох представників єврейської інтелігенції того часу. Довгі роки, попри свою щиру підтримку радянської влади, він перебував під пильним спостереженням органів держбезпеки як сіоніст. Агентурні донесення фіксували його вислови, зустрічі, зв’язки з іншими представниками єврейської інтелігенції. В очах влади його головним «злочином» була незмінна любов до єврейської культури і мови, яку не змогли похитнути ні роки роботи в радянських виданнях, ні лояльність режиму.

Навіть тоді, коли Вайсман працював у радянській єврейській пресі, агентурні повідомлення вже створювали його портрет як «єврейського буржуазного націоналіста». Особливу увагу органів він привернув до себе, повернувшись з Біробіджана. В простій, здавалося б, фразі, старанно зафіксованої інформатором: «Мене послали, мене й відкликали. Я служу моєму народові», – слідчі побачили прихований підтекст. Для них слова «мій народ» означали не радянський народ, а єврейський, а вже одне це вважалось проявом націоналізму.

Після звільнення Києва Барух Вайсман повернувся додому й влаштувався на роботу в Кабінет єврейської культури при Академії наук УРСР. В перші повоєнні роки цей заклад залишався одним з небагатьох центрів радянської єврейської науки в Радянському Союзі.

В кінці 1940-х років в житті Баруха Вайсмана відбувся глибокий духовний поворот. Після створення Держави Ізраїль, на фоні державного антисемітизму, що зростав у СРСР, він повернувся до релігії своїх предків. Цей крок став завершальним у тривалому процесі переосмислення свого шляху, який розпочався ще в роки Великого терору 1937-1938 років. Знищення єврейської інтелігенції в роки Великого терору, знищення єврейського релігійного життя і, взагалі, постійні злочини з боку більшовистської партії повернули Вайсмана в лоно свого народу.

Повернення до юдаїзму не було раптовим рішенням. Події Другої світової війни, Голокост, а потім і повоєнні гоніння на єврейську культуру заставили його переоцінити свої попередні погляди. Колишній атеїст, що критикував релігію в радянській пресі, тепер він знаходив втіху та опору у вірі батьків. І це внутрішнє преображення Вайсмана не сховалось від уваги органів держбезпеки.

В травні 1948 року, повідомляючи в Москву про реакцію єврейського населення на події в Палестині, міністр ДБ УРСР Савченко відзначив, що Вайсман, прийшовши в редакцію газети «Молодь України», заявив: «Я б невідкладно поїхав в Ізраїль. Партійний квиток віддав би і сказав, що в Палестині теж є комуністична партія, я там також знадоблюсь». Ця фраза, зафіксована пильним інформатором, яскраво характеризує не тільки особистість самого Вайсмана, але й настрої багатьох радянських євреїв того часу. В його словах чути і щире прагнення до новоствореної єврейської країни, і спроба знайти компроміс між сіоністськими почуттями й комуністичними переконаннями. Подібні висловлювання ретельно збирались органами держбезпеки, формуючи досьє на «неблагонадійних елементів», і пізніше використовувались як докази їх «буржуазного націоналізму».

До лютого 1953 року хмари над єврейським журналістом цілковито згустилися: 5-й відділ УМДБ Київської області завів справу на групу «єврейських буржуазних націоналістів». Окрім Вайсмана, в перелік тих, хто проходив у справі № 21 під кодовою назвою «Літератори» увійшли його колишні колеги по газеті «Дер штерн»: Фроїм Хоровецер та Пінхус Вольфман.

За даними агента МДБ Емеса, ці люди підтримували зв'язок «на грунті націоналістичних переконань» і під час зустрічей критикували радянську владу. Інший агент – Кант (літератор Гірш Блоштейн) – повідомляв, що Вайсман регулярно надсилає анонімні листи в радянські газети з критикою режиму. У вересні 1953 року те ж джерело доносило, що Вайсман написав на івриті антирадянський «літопис» про євреїв в СРСР, плануючи переправити його для публікації в Ізраїль. Пізніше Кант, правда, повідомив, що «літопис» Барух Вайсман так і не надіслав: знищив на прохання сім'ї.

Розв'язка настала 23 лютого 1957 року: Барух Вайсман був заарештований. Співучасниками журналіста стали його товариші по сіоністському підпіллю, кияни Меїр Дразнін, Ісаак Фрідман та Герш Ременник. На допиті, що відбувся 26 лютого 1957 року, Барух Вайсман зайняв принципову позицію – він категорично відмовлявся давати будь-які свідчення як про себе, так і про своїх знайомих. Коли слідчий Кудеренко з 4 відділу УКДБ намагався з'ясувати причини такої відмови, Вайсман заявив, що не буде давати жодних пояснень свого рішення.

Однак органи і так були непогано обізнані про всі його «гріхи» перед радянською владою. Почались виснажливі допити, під час яких чекістам довелось по крихтах витягати підтвердження тієї інформації, яка була їм відома.

Ще за кілька днів до арешту, під час обшуку його квартири, співробітники МДБ виявили примітну колекцію єврейської літератури. Серед вилучених видань були: філософська праця «Мудрість» середньовічного мислителя Алхарізі, поетична збірка Хаїма-Нахмана Бяліка та філософський трактат Нахмана Крохмаля. Крім того, у Вайсмана знайшли екземпляр газети «Фолькс штиме» («Голос народу»), що друкувався у повоєнній Польщі та розповідав про життя місцевої єврейської громади.

Знайдену у Вайсмана літературу навряд чи можна було назвати крамолою. До арешту він був готовий, вдома нічого небезпечного не зберігав. Однак компромат на Вайсмана – два рукописних документи на івриті – був знайдений у його приятеля, Бенціона Лейбензона, що готувався до від'їзду в Ізраїль. Перший – його «Заповідальний лист», адресований Саррі, дочці Вайсмана. Чому він звертався лише до дочки? Зі своїм сином, Веніаміном, Барух Вайсман давно не підтримував жодних стосунків. Веніамін з самих ранніх років пішов по кривій доріжці, зв'язавшись з блатними. Відомий у кримінальних колах злодій і шахрай, Веніамін був судимий десять (!) разів, причому неодноразово тікав з місць позбавлення волі. На момент арешту батька він як раз відбував черговий термін у Молотовську.

«Заповідальний лист», написаний Барухом Вайсманом 1 липня 1951 року дорогою в Бердянськ, з'явилось в атмосфері страху, наростав, коли один за одним щезали його колеги з Кабінету єврейської культури при Академії наук. Хвиля арештів не оминула нікого з керівництва: забрали директора Елі Співака, завідувача відділу фольклору Мойсея Береговського, старшого наукового співробітника Хаїма Лойцкера. Та ж доля випала Рувиму Лернеру та лінгвісту Мойсею Майданському. Вайсман, бачив, як спустошується заклад, і розумів, що і його арешт – лише питання часу. В «Заповідальному листі», окрім особистих роздумів про сім'ю та виховання, Вайсман проводив паралелі між різними політичними системами та висловлював захоплення створенням держави Ізраїль: «Мої заповітні мрії здійснились з такою величністю та блиском, що собі навіть уявити важко...»

Другий документ був датований 8 листопада 1953 року. В цьому рукописі, що також зберігався у Лейбензона, Вайсман більш відкрито висловлював свої погляди на політику партії та уряду, особливо в єврейському питанні. Слідство відзначало, що при підготовці рукопису в частині аналізу стану євреїв в СРСР автор явно використовував матеріали закордонної преси.