ב-3 באוקטובר 1942 הוקרא בפניו סופסוף גזר הדין: חמש שנות מאסר. חיי היומיום הקשים של הפריזאי לשעבר במחנה קיבלו מעמד משפטי שונה במקצת, אם כי, למעשה, לא השתנו בהרבה. שמואל החל לאבד תקווה, אך אז קרה מקרה יוצא דופן. יום אחד זומן שבסלבאום להנהלת המחנה. קצין הנקו"ד, שישב בלשכת המפקד שאליה זומן האסיר, החל לדפוק על שולחן באגרופו מייד עם הופעתו של שמואל ולדרוש: "האם אתה מתכוון להמשיך ולהערים על הממשלה הסובייטית עוד הרבה זמן?" שמואל לא הבין את פשר השאלה והקצין הסביר: "בטופס שמילאת ציינת שאתה רווק, אבל ממשלת ברית המועצות יודעת שיש לך אישה. איך קוראים לה?" "מעולם לא התחתנתי", ענה שבסלבאום המבולבל. הקצין גירש את שמואל מלשכתו, לא לפני שאיים עליו שיוציא ממנו את האמת.

בחקירה הבאה חשף קצין הנקו"ד את כל הקלפים: "עכשיו תאמר לי מה הקשר שלך לאישה בשם פלשתינה? במשך שעה שלמה ניסה שבסלבאום להסביר לאיש הבור כי פלשתינה, או ארץ ישראל, היא שמה של ארץ אבותיו של העם היהודי ולא של אישה. בתום הוויכוח נמסרה לו חבילה. על החבילה הופיעה כתובת המוען: פלשתינה, תל אביב, רחוב נחלת בנימין, 62. בחבילה היו 5 ק"ג קמח, כמות זהה של סוכר, 3 ק"ג קפה ו-12 חתיכות סבון. ציון לא זנחה את אסיריה!

בעקבות קבלת החבילה התעניינו בשמואל "במחלקה השלישית" של הנקו"ד, האחראית על סיכול ריגול: "מהיכן אנשים בחוץ לארץ יודעים איפה אתה נמצא?" שבסלבאום רק משך בכתפיו. הוא מצידו הבין שעליו להודות לחבר הפולני שרכש לו במחנה. הלה הפך ללוחם בצבא אנדרס לאחר שחרורו מהמחנה ודיווח על מקום מאסרו של שבסלבאום לקונגרס היהודי העולמי בז'נבה. החוקרים המיוחדים ממחלקה שלוש לא הניחו לו עד שהאחראי על התברואה החליט להעביר את שבסלבאום למרפאה במחנה אחר.

בסוף 1945 זכה שמואל שבסלבאום לשחרור מוקדם מסיבות בריאותיות בשל הפציעה ברגלו שקיבל במחנה. נאסר עליו לצאת מאזור סברדלובסק ולמעשה לא היה לו לאן ללכת: שמואל שבסלבאום התבשר שאיש מקרוביו בליטא לא שרד. הוא נאלץ להשתקע בעיר רֶבְדָה, שם, בעזרתה של אישה צדיקה, רופאה במקצועה, עלה בידו להתקבל לעבודה במעבדה לבדיקת מוצרי מזון. מקום העבודה החדש של שמואל נמצא בשוק העירוני, במחלקת תברואה. משכורת צנועה בקושי הספיקה לו כדי להתקיים, לכן בערבים לימד שבסלבאום שפות זרות במוסדות החינוך המקומיים. בכל פעם שהזדמן לו, הוא הצטרף למניין של יהודים מאמינים, פליטים מפולין. הוא גם רכש לו חברים בחוגים החילוניים. אחד מהם היה עמיתו למקצוע, מורה שגם הוא היה בוגר אוניברסיטה זרה ושהה שנים רבות במחנות סובייטים.

ידידו החדש של שמואל שבסלבאום היה גבר רזה וגבוה, בעל זקן עבות, אדיב ומנומס. במהלך היכרותם סיפר לשמואל כי הוא נולד במרכז אירופה, ואביו היה סופר יהודי ידוע. בשנת 1937 הוא קיבל עונש מאסר, ולאחר מכן נשלח לעבוד באזור סברדלובסק. בתחילה, חברו החדש של שבסלבאום התנהג באופן רגיל לחלוטין, אך עם הזמן החל לומר דברים מוזרים. יום בהיר אחד הוא הציע לשמואל ליצור קשר עם המחתרת הציונית במוסקבה, אחר כך גילה לו בסתר שהוא מתכוון לצאת לחופשה באודסה ומשם ינסה להגיע לחופי טורקיה.
ברבדה היה לשמואל מכר נוסף – צעיר כבן שלושים, יליד פולין, שסיפר שיש לו קרובי משפחה בארץ ישראל.

מלבד חוגי האינטליגנציה המקומית, שבסלבאום התיידד גם עם בעל מלאכה יהודי שהיה נשוי לאישה רוסייה. יום אחד הפתיע האיש את שבסלבאום בסיפורו על אישה יהודייה מרתקת שפגש בתערוכת אמנות. "תרצה להכיר אותה? היא הגיעה לפני כמה ימים ממוסקבה". התברר שהייתה זו מרצה במכללה שפעלה בחסות התיאטרון היהודי הממלכתי במוסקבה. היא סיפרה לשבסלבאום על חזרתה בתשובה ואף ביקשה ממנו לחבר עבורה מילון עברי קצר. לימים היא הכירה לשמואל את ידידה – יהודי משכיל. הלה ציטט את ניטשה, היה בקיא בפילוסופיה היהודית של ימי הביתיים ודיבר שלל שפות, והכי חשוב, הוא היה ציוני נלהב, בדיוק כמו שמואל שבסלבאום.
עבודות ההוראה החלקיות שלקח שמואל לא שימשו לו הכנסה בטוחה. יום אחד, ברגע של ייאוש גדול, לאחר שקיבל מכתב פיטורין אחד מיני רבים, ראה אדם עם פרצוף חמור סבר נכנס למעבדה שלו.

האיש הציג את עצמו, היה לו שם משפחה יהודי טיפוסי. האיש הודיע: "באתי אליך, ידידי, כי נודע לי שלאחרונה מצבך בכי רע. בזמנו עבדתי במנהל הפוליטי הממלכתי ועד היום אני נוהג לשתות וודקה עם הבוס. אתה מנהל קשרים עם יהודים שומרי מסורת ומאזין לשיחות שלהם. הייתי רוצה לבקש ממך לכרות אוזן ולעדכן אותי מדי פעם על תוכניותיהם. בתמורה אעזור לך מצוא עבודה חדשה”. שבסלבאום סירב להצעה בכל תוקף. השלכות הסירוב לא איחרו לבוא – שמואל פוטר גם מהמעבדה.

פיטוריו הילכו אימים על מכריו היהודים של שמואל. עם הופעתו של שבסלבאום באופק, הם הפנו לו את גבם ומיהרו ללכת בכיוון השני. באופן בלתי צפוי העזרה באה דווקא מכיוונו של ידידו של המורה, יליד פולין. הוא הזמין את שבסלבאום לגור בדירתו הגדולה והמטופחת ועזר לו להתקבל למשרה חדשה של מורה לשפות זרות בבית ספר מס' 1 בעיר. כעבור זמן קצר נסע הצעיר למוסקבה לסידוריו. ערב עזיבתו הוא הציע במפתיע לשבסלבאום: "אני אנסה לקבוע ביקור אצל שגריר ישראל, ואילו אתה חייב לכתוב לו על מצבך." שמואל נענה להצעה בהתלהבות רבה. עשרה ימים לאחר מכן שב האיש הצעיר מהנסיעה. לדבריו, הוא לא הצליח להתקבל בשגרירות, אך עלה בידו לדבר ברחוב עם עובד השגרירות בשם רותם. הוא שמע את סיפורו של שבסלבאום תוך כדי הליכה וביקש למסור לו פתק דרך המארח. על דף, שנתלש מלוח שנה שפרסמה חברת "דביר", נכתב בכתב יד יפה שמישהו בשם דוד, אדם אמין, יצור קשר עם שבסלבאום בקרוב.
בתחילת מאי 1950 קיבל שמואל מברק. אות דוד שהה בבית מלון בעיר סברדלובסק וביקש להגיע אליו בדחיפות. "האיש האמין" התברר כגבר גבוה לבוש בחליפה יפה. הוא הזמין לחדר המלון משקאות אלכוהוליים ומשקאות קלים, סיגריות ושוקולד, ופתח בשיחה. כשסיפר לו שמואל על הכחדת משפחתו, התמלאו עיניו של האיש דמעות. הוא אמר שגם אשתו ובתו הקטנה נספו, אך כמעט מייד החליף נושא ושאל: "הכרת את חיים ויצמן באופן אישי?" שמואל השיב שראה אותו רק באספה ציבורית גדולה. ניכר על האיש שהוא כלל לא מרוצה מהתשובה, אבל הוא חייך כששמע ששמואל התארח בביתו של נחום סוקולוב. הוא שאל את שבסלבאום אם בכוונתו לציין את יום עצמאותה של ישראל וביקש ממנו להציע נוסח נאום חגיגי. "מדוע אתה מבקש זאת ממני?" הופתע שבסלבאום. "אני אתן את הטקסט לשגריר כדי לשכנע אותו שאתה ראוי לסיוע מצידנו". שמואל מילא אחר בקשתו. כשסיים שבסלבאום לכתוב את נוסח הברכה, חיבק אותו דוד והרים את כוסו בהתרגשות: "לשנה הבאה בירושלים".

האורח המוסקבאי התעניין מאוד בפעילותו הספרותית של שבסלבאום. שמואל סיפר שהוא כותב רומן על תהליך ההתבוללות של יהודים בברית המועצות. דוד עודד אותו לא לוותר ולהשלים את העבודה, שהוא מצידו, לדבריו, יעביר מייד לתל אביב ולוושינגטון. אחרי השיחה הזאת התקיימה ארוחת הערב היוקרתית ביותר בחייו של שבסלבאום. לפרידה הציע דוד לשבסלבאום צרור שטרות (שאותם סירב שמואל לקחת), וכן מסר כתובת מוסקבאית להתכתבות.

את יום העצמאות של ישראל חגגו בדירתו של חבר צעיר, שמואל חזר בפני חבריו הציונים על הנאום שכתב לשגרירות. זמן קצר לאחר מכן נותר שבסלבאום כמעט לבדו בעיר. חבריו החלו לעזוב את רבדה אחד אחרי השני. האיש הצעיר, שבביתו התגורר חי שבסלבאום, שלח את אשתו וילדיו למוסקבה, והוא עצמו עזב את העיר כי מצא לו מקום עבודה חדש, לטענתו.

שבסלבאום מצא לו מקום מגורים חלופי אצל הרופא בוריס גוכשטיין, יליד מינסק, ציוני מושבע ואדם הגון. גוכשטיין ואשתו הכירו את שבסלבאום במשך זמן רב וניהלו שיחות גם בנושאים אסורים. באביב 1951 הבחינו בני הזוג גוכשטיין בהתנהגות המוזרה מצד חבריו של שבסלבאום, אשר לא הסתירו את רצונם העז להתארח בביתם. גם המכר של שבסלבאום מבית הכנסת, עמנואל שטיינר, חשד בסכנה המתקרבת. השען שטיינר נולד באזור ברטיסלבה, היה אסיר במחנות הריכוז שהקימו הנאצים, הגיע בתור כפליט לברית המועצות והוגלה מייד למחנה סובייטי. שבסלבאום מסר לו כתב יד של ספרו על אודות היהדות בברית המועצות, אך שטיינר מיהר להיפטר מהספר.

עם סיום עבודתו בוועדת הבחינות במאי 1951, קיבל שבסלבאום באופן בלתי צפוי הפניה ממנהל בית הספר שבו לימד להמשך לימודים במוסקבה. בבוקר 28 ביוני 1951 עלה על רכבת ויצא אל הבירה. יחד אתו נסעו בקרון שני גברים חסונים, שקל היה לזהות בהם את אנשי שירותי הביטחון. שבסלבאום השליך בסתר מהחלון את המכתבים ורישומי הכתובות שהיו ברשותו וירד מהרכבת בלב כבד בתחנת מוסקבה. בחלוף דקות ספורות הוא שמע קול רקיעת רגליים: שני הברנשים מהרכבת, כלי נשק בידיהם, רצו היישר לעברו. "עצור! מה שמך? הצג את המסמכים שלך."

שמואל שבסלבאום שוב מצא את עצמו מאחורי סורג ובריח. יחד אתו נפלו לידי המשרד לביטחון המדינה עמנואל שטיינר ובוריס גוכשטיין, שלא היו מעורבים בדבר. על אף שלא הייתה זו אשמתו של שמואל, לבו היה כבד עליו.

החקירה התנהלה כמקובל וכללה צרחות, גידופים ומכות. כשפקעה סבלנותם של קציני שירות הביטחון, הם הציגו לשמואל מכתב שהוא העביר בעבר למוסקבה דרך בחור צעיר שהכיר. באורח פלא נמצא ברשותם גם הטקסט שכתב שבסלבאום לחגיגות יום העצמאות של ישראל. "תראה איך אנחנו עובדים", התפאר החוקר, "גנבנו את המכתב שלך היישר משולחנו של השגריר". אם כי לשבסלבאום העצור היה כעת ברור כשמש שדוד היה סוכן מטעם הרשויות.

בתחילת אפריל 1952 התקיים המשפט. שבסלבאום ישב על כיסא מרופד לא הרחק מחבריו לצרה גוכשטיין ושטיינר, שהיו חיוורים כסיד. באולם נכחו בעיקר עובדי המשרד לביטחון המדינה ונשותיהם, שבאו לראות ציונים במו עיניהם. כל "חבריו הציונים" מרבדה התייצבו על דוכן העדים. במילה האחרונה שניתנה לו טען שמואל כי האישומים נגדו מופרכים, מה שלא הפריע לבית המשפט לגזור עליו 25 שנות מאסר. בוריס גוכשטיין ועמנואל שטיינר קיבלו עונשי מאסר זהים בעוון "בגידה במולדת".

העבריין המורשע שמואל שבסלבאום נשלח במסע אסירים לאזור קרסנויארסק, למחלקה הראשונה של מחנה "גורלאג", או למחנה המיוחד מס' 2, שם נכלאו בעיקר אסירים פוליטיים. שבסלבאום לא יכול היה לעבוד במכרות פחם או להניח מסילות ברזל בשל מצב בריאותו, לכן שובץ לחטיבות הנכים. אך גם במקום שכוח אל זה, קנה לו האסיר הפוליטי שבסלבאום חברים. והפעם לא היו אלה מלשינים אלא יהודים כנים וטובי לב. אחד מהם, בחור צעיר מבֵּסָרַבְּיָה, בילה את נעוריו בארץ ישראל, לחם בצבא הבריטי נגד הנאצים, אך החליט לשוב לברית המועצות כדי לברר על גורל משפחתו וחבריו. הוא נעצר מייד. עוד אחד, יהודי בוכרי, קיבל מאשתו חבילות נדיבות וכיבד את חבריו. בפסח הוא אף קיבל מצות, הודות לכך זכה שבסלבאום לחגוג את החג לראשונה מזה שנים רבות. האסירים קראו את ההגדה ושרו יחד את הפיוט "חד גדיא". שבסלבאום זכה ליחס טוב גם מאנשי ארגונו של סטפן בנדרה האוקראיניים וגם מצד יוצאי המדינות הבלטיות שהשתייכו לארגון הגרילה "אחים ביער" – אלה התרשמו מאוד מהשכלתו וכיבדו את נכונותו להתנגד למשטר הסובייטי.

ב-1 ביוני 1953 הצטרפה המחלקה שבה נכלא שבסלבאום לשביתה הכללית של אסירי "גורלאג". שמואל עצמו לא תמך במרד כי סבר שמדובר בפרובוקציה מצד הנהלת המחנה. שבסלבאום החליט לא להתערב ולהישאר ניטרלי. מאוחר יותר התעוררה מהומה בעקבות המכתב ששלח שבסלבאום לעצרת הכללית של האו"ם, אך גם הפעם הצליח לחמוק מעונש.

במאי 1956 הופיע האסיר הפוליטי בפני ועדת השחרורים. הוועדה הגיעה למסקנה שהאישום בבגידה במולדת שהוגש נגדו היה חסר בסיס, כך גם עונש המאסר הראשון שנגזר עליו. הוועדה אמנם ציינה את הביקורת הגלויה שמתח שבסלבאום על המציאות הסובייטית ועל ממשלת ברית המועצות והעבירה את התיק לבית המשפט העליון במוסקבה. לבסוף, בתחילת אוגוסט 1956, שוחרר שמואל שבסלבאום ממאסר.

שמואל נסע לליטא ומיהר לבית שבו התגוררו בעבר בני משפחתו. השכנים הליטאים סיפרו לו על הדקות האחרונות בחייה של אימו, שנרצחה באכזריות, על רצח אביו וגורלם של אחיו ואחותו שנפטרו באוזבקיסטן, אליה נמלטו מרדיפות הנאצים. בקושי רב הצליח שמואל לרשום את מקום מגוריו ברשות האוכלוסין בווילנה ומצא לו משרת איש אחזקה בבית החינוך התברואתי הרפובליקני. שנות הכליאה במחנות לא ריסנו כהוא זה את שאיפתו לעלות לארץ ישראל. שמואל שבסלבאום החליט לעשות מעשה נועז. בספטמבר 1956 הוא נישא נישואים פיקטיביים לאסירה פוליטית לשעבר בגולאג, יהודייה אזרחית פולין, ובסוף פברואר 1957 הצליח להגר לפולין. בוורשה התייצב מייד בשגרירות ישראל ולאחר מכן למשרד הפנים הפולני, שם הגיש בקשה להגירה.

המסע שבו החל שמואל שבסלבאום לפני המלחמה הגיע לייעדו במאי 1957. האסיר הפוליטי הסובייטי לשעבר השתקע בירושלים ועברת את שם משפחתו – מעתה נקרא שמואל שבת. הוא גמר בליבו לתאר בלשון הקודש את דרך החתחתים שעבר בברית המועצות, ושנתיים בלבד לאחר עלייתו ארצה הוציא את ספר הזיכרונות "במחנות הצפון". בספרו, שהיה לאחד הדיווחים המפורטים ביותר על הדיכוי הסובייטי בשפה העברית, מתאר שבסלבאום את זוועות חיי המחנה, את מפגשיו עם פעילים הציונים, את העזרה הדדית ואת גבורתם של האסירים היהודים.

ביוני 1964 נשא שמואל שבסלבאום לאישה את החוקרת לבוטניקה תנכית ד"ר אילת-השחר הראובני, בתם של ציונים בולטים, מקימי השמורה הלאומית של טבע הארץ במקורות ישראל "נאות קדומים". שמואל פרסם בעיתונים את זיכרונותיו, לרבות הזיכרונות על חסידים הכלואים בסיביר, ומעת לעת נשא הרצאות פתוחות בשיתוף עם אשתו.

בסוף דבר לספר הזיכרונות שלו כתב שמואל שבסלבאום שאם ארץ ישראל נקנית בייסורים, הרי שהוא קיים מצווה זו במלואה. הגיבור היהודי שמואל שבת שבסלבאום נפטר ב-1 במארס 1979. הוא נקבר בהר המנוחות בירושלים.